<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE></TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2723.2500" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV>1- editconf -f p.gro -o p.gro -bt cubic -c -d 0.7<BR>2- genbox -cp p.gro 
  -cs spc216.gro -o p.gro -p p.top<BR>my peptides have diferent structure , and 
  then my BOX <BR>and my number of H2O are diferent, my question is<BR>hOW COULD 
  I GENERATE&nbsp; exactly the same number of solvent <BR>molecules and box 
  size.</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BLOCKQUOTE>
<DIV><FONT face=Arial size=2>include the solvent in your SA. I did that too with 
gromacs. It works</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>fine. And don't need a big box for 11 residues. 
</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>The implicit solvent SA I used before was with 
CHARMM implemented</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>in the lab by. S. Hassan. Can write him a 
message&nbsp;at</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><A 
href="mailto:mago@inka.mssm.edu">mago@inka.mssm.edu</A>&nbsp;you'll need CHARMM 
though</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>XAvier</FONT></DIV></BODY></HTML>