<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

my peptide have 11 amino acids and it is cyclic<br>

<br>

Kay Gottschalk wrote:<br>

<blockquote type="cite"

 cite="mid097A0A0F-C2C2-11D7-9223-000393BB411E@weizmann.ac.il">At 10000K

you can only do torsion angle dynamics, I think. Your box is just exploding.

I am not sure that you will find a sa scheme with which your peptide models

 converge. Do you have any experimental restraints? How big is the peptide? 

  <br>

On Thursday, July 31, 2003, at 01:07 AM, Osmany Guirola Cruz wrote: <br>

  <br>

  <blockquote>At &nbsp;10000K my simulation does not work &nbsp;i have errors like this. 

    <br>

Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.3# <br>

starting mdrun 'Protein in water' <br>

5000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.0 ps. <br>

    <br>

    <br>

Back Off! I just backed up peptido_md.trr to ./#peptido_md.trr.3# <br>

step 90, remaining runtime:&nbsp;&nbsp; 269 s <br>

Back Off! I just backed up step100.pdb to ./#step100.pdb.1# <br>

Wrote pdb files with previous and current coordinates <br>

step 100, remaining runtime:&nbsp;&nbsp; 291 s <br>

Back Off! I just backed up step103.pdb to ./#step103.pdb.1# <br>

    <br>

Back Off! I just backed up step104.pdb to ./#step104.pdb.2# <br>

Wrote pdb files with previous and current coordinates <br>

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis

and the second vector in the xy-plane are supported. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3): <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc. <br>

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis

and the second vector in the xy-plane are supported. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3): <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc. <br>

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis

and the second vector in the xy-plane are supported. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3): <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc. <br>

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis

and the second vector in the xy-plane are supported. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3): <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc. <br>

Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis

and the second vector in the xy-plane are supported. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3): <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan} <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc. <br>

Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE nsgrid.c, LINE 210] <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

Osmany Guirola Cruz wrote: <br>

    <br>

    <br>

    <br>

Ok, thanks Xavier, but i read in some papers that they modify&nbsp; bond angles

and bond <br>

length, &nbsp;for give more "movility" to the system and guarantee a great SA.

How could ido this with <br>

gromacs <br>

    <br>

    <br>

Xavier Periole wrote: <br>

    <br>

    <tt><font size="+1">What time is necesary for cooling a sistem? everybody 

say SLOWLY . <br>

    <br>

    </font></tt> <br>

    <br>

    <tt><font size="+1"> <br>

Depends the type of system, its size, the purpose of the simulated <br>

annealing. <br>

But yes the slowest the better. At the origin the simulated annealing was 

    <br>

coupled to Monte Carlo simulation and in THEORY if you decrease the <br>

temperature by steps infinitey small you get to the global minimum. Check 

    <br>

in a book or some papers using simulated annealing. <br>

    <br>

XAvier <br>

    <br>

_______________________________________________ <br>

gmx-users mailing list <br>

    <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></u> <br>

    <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></u> 

    <br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  <br>

www interface or send it to <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a></u>. 

    <br>

    <br>

  </font></tt> <br>

    <br>

    <br>

_______________________________________________ gmx-users mailing list <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></u> 

    <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></u> 

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or send it to <u><!-- 1999,1999,FFFF --><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a></u>. 

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

  </blockquote>

Dr. Kay-E. Gottschalk <br>

Department of Biological Chemistry <br>

Weizmann Institute of Science <br>

Tel: ++972-8-9343639 <br>

Herzl St. 1 <br>

Rehovot 76100 <br>

Israel <br>

  <br>

</blockquote>

<br>

</body>

</html>