<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2723.2500" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Sorry I though it was clear. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Those names are the names of your protein file 
</FONT><FONT face=Arial size=2>(or whatever system) </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>in an empty box or I guess a box filled with 
water</FONT><FONT face=Arial size=2>. And the </FONT><FONT face=Arial 
size=2>spc216.gro </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>is the water box used in gromacs </FONT><FONT 
face=Arial size=2>to fill up&nbsp;an empty&nbsp;box. You can </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>probably take your own. </FONT></DIV></BODY></HTML>