
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

i have 10 simulations , i do g_cluster to each one and then i do g_confrm

whith the most populated clusters<br>

and , these is the table:<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10<br>

&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;2&nbsp; 0.255333&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;3&nbsp; 0.384980&nbsp; 0.268161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;4&nbsp; 0.363748&nbsp; 0.356637&nbsp; 0.312702&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;5&nbsp; 0.364454&nbsp; 0.291378&nbsp; 0.168395&nbsp; 0.360910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;6&nbsp; 0.304329&nbsp; 0.362637&nbsp; 0.352839&nbsp; 0.224768&nbsp; 0.350295&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;7&nbsp; 0.395214&nbsp; 0.427625&nbsp; 0.373925&nbsp; 0.340693&nbsp; 0.329041&nbsp; 0.264797&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br>

&nbsp;8&nbsp; 0.395720&nbsp; 0.347483&nbsp; 0.315446&nbsp; 0.462918&nbsp; 0.295911&nbsp; 0.384215&nbsp; 0.404703<br>

&nbsp;9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?<br>

10&nbsp; 0.269739&nbsp; 0.224798&nbsp; 0.375789&nbsp; 0.433382&nbsp; 0.349531&nbsp; 0.403248&nbsp; 0.452217&nbsp;

0.382978<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

Kay Gottschalk wrote:<br>

<blockquote type="cite"

 cite="mid357F3FA0-C31F-11D7-9223-000393BB411E@weizmann.ac.il">I'd do much

more than ten structures. Do as many as you can in a reasonable time and

afterwards cluster the results! You cannot expect your system to converge

so easily... <br>

On Thursday, July 31, 2003, at 02:00 AM, Osmany Guirola Cruz wrote: <br>

  <br>

  <blockquote>that was the problem in my simulation at 1000K my ten final 

structures are quite diferent after the SA. <br>

    <br>

Xavier Periole wrote: <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

&nbsp; <br>

&nbsp; <br>

<!-- Arial --><font size="-1">Yop, sorry I meant 1000 K. 10000 K is way too

much.</font> <br>

&nbsp; <br>

<!-- Arial --><font size="-1">Marco is right. With 11 residues it is unlikely

that your peptide has a unique</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">conformation in solvent. It probably explore

different conformations with diffenrent</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">probabilities.</font> <br>

&nbsp; <br>

<!-- Arial --><font size="-1">How did you generate your 10 structures with

Modeler. I thought it needed a</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">template !! And what isthe point of doing an

SA on a specific conformation ?</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">You loose it at 1000K anyway !!</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">I did some thing similar where I generated

100 conf from SA with an implicit</font> <br>

<!-- Arial --><font size="-1">solvent (faster) and after that I made&nbsp;clusters

of them.</font> <br>

&nbsp; <br>

<!-- Arial --><font size="-1">XAvier</font> <br>

&nbsp; <br>

    <br>

    <br>

    <br>

  </blockquote>

Dr. Kay-E. Gottschalk <br>

Department of Biological Chemistry <br>

Weizmann Institute of Science <br>

Tel: ++972-8-9343639 <br>

Herzl St. 1 <br>

Rehovot 76100 <br>

Israel <br>

  <br>

</blockquote>

<br>

</body>

</html>