<DIV>
<DIV>Dear Anton and Gmx-users,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>If without bonds, I think the top file (as shown in urea.top - manual page 100)&nbsp;will like this:</DIV>
<DIV>[moleculetype]</DIV>
<DIV>;name&nbsp;&nbsp; nrexcl</DIV>
<DIV>Urea&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[atom]</DIV>
<DIV>;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;type</DIV>
<DIV>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</DIV>
<DIV>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O</DIV>
<DIV>3&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT</DIV>
<DIV>4&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>..</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[bonds]&nbsp; ; no need to input</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[pairs]</DIV>
<DIV>;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; b0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kb</DIV>
<DIV>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.74468e+05</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.74468e+05</DIV>
<DIV>&nbsp; ...</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[angles]&nbsp; ;&nbsp; no need to input</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[dihedrals];&nbsp; no need to input</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[position_restraints}</DIV>
<DIV>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10000</DIV>
<DIV>...</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>;include SPC water topology</DIV>
<DIV>#include&nbsp; "spc.itp"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[system]</DIV>
<DIV>Urea in water</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>[molecules]</DIV>
<DIV>Urea&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</DIV>
<DIV>Sol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1000</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Appreciate if you could correct&nbsp;it if any mistakes.</DIV>
<DIV>Besides, how could&nbsp;we select ' without&nbsp;bonds'&nbsp; when we do pdb2gmx or by modifying </DIV>
<DIV>.pdb file ?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks in advance.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Albert</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>Anton Feenstra &lt;feenstra@chem.vu.nl&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid; WIDTH: 100%">Victor Kowalenko wrote:<BR>&gt; Hi Anton,<BR>&gt; <BR>&gt; I am sending you this e-mail to confirm that the following is all<BR>&gt; I need to get our atomic modelling working in GROMACS as I am not entirely<BR>&gt; sure that this will work.<BR>&gt; <BR>&gt; First, I need to write a script file that will create *.top file from the<BR>&gt; pdb files. I should mention the format of our pdb files just in case their<BR>&gt; format is unsuitable for GROMACS. They basically go like this:<BR><BR>Whether you need a script depends if you want bonds, without bonds the<BR>.top will be rather trivial and can be written by hand.<BR><BR>&gt; HETATM <PARTICLE No.><TYPE><TYPE><PARTICLE No.>x y z 0.00 0.00 <TYPE><BR>&gt; e.g.<BR>&gt; HETATM 1 Al Al 1 0 0 0 0.00 0.00 Al<BR>&gt; HETATM 2 Cu Cu 2 0 0 1 0.00 0.00 Cu<BR>&gt; etc.<BR>&gt; <BR>&gt; I think the zeros correspond to velocities or some other
 units, but they<BR>&gt; are irrelevant for the time being. It is x, y and z coordinates that are <BR>&gt; important. I would like to know if this format is suitable for GROMACS or<BR>&gt; whether I need to write a script file that extracts only the coordinates.<BR>&gt; The files will have to be altered anyway as the coordinate positions are<BR>&gt; in Angstroms while there is a preference for nm in GROMACS.<BR><BR>Close, but not quite there... This looks like the general .pdb format anyway.<BR>The zeroes should be occupancy and B-factor. Irrelevant for us. The units in<BR>Gromacs files are nm, but .pdb is not a Gromacs file format and the official<BR>PDB file format description insists on angstroms. So, in .pdb you must use<BR>Angtroms, and in .gro nm. It looks like Gromacs will read your files just fine.<BR><BR>&gt; As far as the topology file is concerned, it appears to me that if I elect <BR>&gt; only to do atom interactions I only need to create a script file that<BR>&gt;
 creates a topology file with only 2 main parts to it: [atomtypes] and<BR>&gt; [atoms]. That is, it should look like:<BR>&gt; <BR>&gt; [atomtypes]<BR>&gt; ; specify the various types of atoms in the simulation<BR>&gt; ; atom atomic mass charge epsilon sigma<BR>&gt; Al 26.98 0 LJ_energy in kJ/mol LJ_radius in nm<BR>&gt; Cu 63 0 LJ_energy_2 in kJ/mol LJ_radius_2 in nm<BR>&gt; [atoms]<BR>&gt; ; nr atom type<BR>&gt; 1 Al<BR>&gt; 2 Cu<BR>&gt; 3 Al<BR>&gt; etc.<BR>&gt; <BR>&gt; where the numbers in the [atoms] correspond to the numbers in the pdb<BR>&gt; files so that GROMACS can get the particle coordinates. <BR>&gt; <BR>&gt; I think this is what you are saying below and if this is correct, then<BR>&gt; I see no problem in writing a little script file to read the pdb file<BR>&gt; a structure file. Please inform me as to whether this is correct or<BR>&gt; whether I have missed something. My aim is to create a general script<BR>&gt; file that will variable numbers of particles in the pdb
 files and place<BR>&gt; them in this format. If the pdb format is no good, then I could create a<BR>&gt; new pdb file with the proper format. <BR>&gt; <BR>&gt; Cheers,<BR>&gt; Victor.<BR><BR>Sounds good. You did not include all the obligatory sections above in<BR>your 'example' .top, check the manual for the complete description of<BR>the .top file format.<BR><BR><BR>-- <BR>Groetjes,<BR><BR>Anton<BR>_____________ _______________________________________________________<BR>| | |<BR>| _ _ ___,| K. Anton Feenstra |<BR>| / \ / \'| | | Dept. of Pharmacochem. - Vrije Universiteit Amsterdam |<BR>|( | )| | | De Boelelaan 1083 - 1081 HV Amsterdam - Netherlands |<BR>| \_/ \_/ | | | Tel: +31 20 44 47608 - Fax: +31 20 44 47610 |<BR>| | Feenstra@chem.vu.nl - www.chem.vu.nl/~feenstra/ |<BR>| | "If You See Me Getting High, Knock Me Down" |<BR>| | (Red Hot Chili Peppers)
 |<BR>|_____________|_______________________________________________________|<BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE></DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</a> - Free, easy-to-use web site design software