<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=Windows-1252">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6249.1">
<TITLE>disulfide bond</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users!<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; I created a pdb file for a protein in Sybyl, where I had a disulfide bond.<BR>
Sybyl distinguished these two residues by CYX as compared to the regular CYS.<BR>
&nbsp;&nbsp; When I used pdb2gmx, the system complained about CYX and responded that<BR>
tries to consider these residues as CYS2. It was fine, but in the conf.gro and topol.top files I noticed that the backbone H (to N) was not generated.<BR>
Furthermore, the S-S bond was not generated in the topol.top file.<BR>
&nbsp;&nbsp; Perhaps I could edit this latter file by following the topology and charge<BR>
parameters for a backbone H(N), but I do not have its coordinates in the conf.gro. I am sure that there is a simple way to handle the S-S in Gromacs.<BR>
&nbsp;&nbsp; What should I modify in the original .pdf file to get correct .gro and<BR>
.top files?<BR>
<BR>
Thanks, Peter Nagy<BR>
pnagy@utnet.utoledo.edu</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>