; ; File try1 was generated ; By user: sun ; ; At date: Fri Aug 8 10:52:44 2003 ; ; This is your topology file ; "A Protein is a Set Of Coordinates" (A.P. Heiner) ; ; Include forcefield parameters ; #include "ffG43a1.itp" #include "ffgmx.itp" ; ; Include chain topologies ; [ moleculetype ] ;name nrexcl HET 1 [atom] ; nr type resnr reidue atom cgnr charge 1 C 0.000 HET C1 1 0.683 2 C 0.000 HET C2 1 -0.683 3 C 0.000 HET C3 1 0.683 5 C 0.000 HET C4 1 -0.683 6 C 0.000 HET C5 1 0.683 7 C 0.000 HET C6 1 -0.683 8 C 0.000 HET C7 1 0.683 9 C 0.000 HET C8 1 -0.683 10 C 0.000 HET C9 1 0.683 11 C 0.000 HET C10 1 -0.683 12 C 0.000 HET C11 1 0.683 13 C 0.000 HET C12 1 -0.683 14 C 0.000 HET C13 1 0.683 15 C 0.000 HET C14 1 -0.683 16 C 0.000 HET C15 1 0.683 17 C 0.000 HET C16 1 -0.683 18 C 0.000 HET C17 1 0.683 19 C 0.000 HET C18 1 -0.683 20 C 0.000 HET C19 1 0.683 21 C 0.000 HET C20 1 -0.683 22 C 0.000 HET C21 1 0.683 [bonds] ; no input [pairs] ; ai aj funct b0 kb [angles] ; no input [dihedrals]; no input ; Include water topology ;#ifdef FLEX_SPC ;#include "flexspc.itp" ;#else ;#include "spc.itp" ;#endif ;#ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for c [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 3 1 1000 1000 1000 5 1 1000 1000 1000 7 1 1000 1000 1000 9 1 1000 1000 1000 11 1 1000 1000 1000 13 1 1000 1000 1000 15 1 1000 1000 1000 17 1 1000 1000 1000 19 1 1000 1000 1000 21 1 1000 1000 1000 [ system ] ; Name POLYMER [ molecules ] ; Compound #mols HET 1 SOL 0