<DIV>Hi, David, </DIV>
<DIV>Do you know what&nbsp;is the reason that atoms explod? </DIV>
<DIV>Is it&nbsp;because that I did not include bond force and&nbsp;constraints&nbsp;or other wrong parameters?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>thanks!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<DIV><B><I>David &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> wrote: 
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">On Thu, 2003-08-28 at 23:07, Albert Sun wrote:<BR>&gt; Dear David van der Spoel,<BR>&gt; I am testing a simple case, and prepared top and gro files as<BR>&gt; attached, when I ran EM.mdp and 9atom.mdp, and see ngmx, it has the<BR>&gt; error: segmentation fault.<BR>&gt; (em.mdp file is attached in another email)<BR>&gt; Could you help me to have a look?<BR><BR>I see a system of 9 atoms in a plane which explodes after roughly 100 fs<BR>(I decreased nstxout to 5 to see it).<BR><BR>If you do not see that, then I suggest you try to run it on a Linux or<BR>Unix box first. By the way, ngmx won't work on a DOS anyway.<BR><BR><BR>-- <BR>Groeten, David.<BR>________________________________________________________________________<BR>Dr. David van der Spoel, Dept. of Cell and Molecular Biology<BR>Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>phone: 46 18 471 4205 fax: 46 18 511
 755<BR>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org http://xray.bmc.uu.se/~spoel<BR>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE></DIV>
<P>
<HR SIZE=1>
Do you Yahoo!?<BR><A href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</A> - Free, easy-to-use web site design software</BLOCKQUOTE></DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</a> - Free, easy-to-use web site design software