<html>
Thank you for the replies Eric and David.<br><br>
I was hoping it was something as simple as that :-)<br><br>
I have performed a single molecule simulation.&nbsp; If only all
simulations went that quickly ;-)<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>DHvap = (Eintra(g) + RT) -
(Eintra(l) + Einter(l))</blockquote><br>
Thank you, that makes sense now.<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>The second bit is your Epot in the
liquid sim, then you have to compute<br>
Eintra(g) by running a simulation of a single molecule *IDENTICAL*
to<br>
your liquid simulation. In particular when you use PME this will give
a</blockquote><br>
Only difference is that you can't use pressure coupling, correct?&nbsp;
In doing so, the box would rapidly contract below twice the cut off
length.<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>very large number. Take care to run
the single molecule at least as long<br>
as the liquid simulation as you will have rather large fluctuations
in<br>
energy. See further Wensink et al. (JCP 119, no 13, to be
published).</blockquote><br>
The liquid simulation I have run for 3 ns so far.&nbsp; With the single
molecule simulation I found that when the dihedral underwent a
conformation change to the higher energy state the various energy terms
increased quite significantly.&nbsp; So I have run that for 50ns for the
value calculated below.<br><br>
OK, having done that now:<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>Eintra(gas)
= 55.4815<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>RT =
2.4776<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>[Eintra+Einter](liquid)
= 14.747<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>DHvap =
43.21<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>versus
58.0<br><br>
Now that is much more reasonable.&nbsp; Not perfect, but at least in the
ball park now.<br><br>
Something to note here, which isn't surprising but I hadn't thought of it
that way, changing the L-J values will have little influence on the
potential energy of the gas phase.&nbsp; The value of that in this case
is dominated by electrostatic short range and electrostatic 1-4
interactions.<br><br>
Thing is now, which way to go to improve the value?&nbsp; Redistribute
the partial charges (which I assume will have a significant effect on the
gas phase potential energy and is the dominate term)?&nbsp; Decrease the
minimum in the L-J potential to decrease the value of the liquid phase
potential energy?<br><br>
Catch ya,<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
<b>Dr. Dallas Warren<br>
</b><i>Research Fellow<br>
</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>
Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>
</u></font>+61 3 9903 9083<br>
<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>
<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to
resemble a nail.</font></i></html>