<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>Hi, David and users,</DIV>
<DIV>My&nbsp;simple&nbsp;case study&nbsp;has not shown&nbsp;good results,&nbsp;the 9atom always explod, even though I tried many times to adjuster various parameters.</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV>Greatly appreciate if you could&nbsp;help me to have a look on these files and find out where is the problem?&nbsp; the following&nbsp;commnets&nbsp;are used:&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P>grompp -v -f em.mdp -c 9atom.gro -o em.tpr -p 9atom.top</P></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P>mdrun -v -s em -o em -c afterem</P>
<P>grompp -f 9atom.mdp -o s1 -c afterem.gro -p 9atom.top -n atom.ndx</P>
<P>mdrun -s s1.tpr -o s1.trr -c s1.gro -pi pull.ppa -pn atom.ndx</P></FONT></DIV>
<DIV>(I attached three files here,&nbsp;three more&nbsp;files are attached in&nbsp;another mail)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Albert</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>David &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">On Fri, 2003-08-29 at 18:17, Albert Sun wrote:<BR>&gt; Hi, David, <BR>&gt; Do you know what is the reason that atoms explod? <BR>&gt; Is it because that I did not include bond force and constraints or<BR>&gt; other wrong parameters?<BR>Anything, charged atoms with no van der waals or something like that.<BR>Something in your topology. If you give all atoms zero charge and a<BR>reasonable vanderwaals params it will work fine.<BR>&gt; <BR>&gt; thanks!<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; David <SPOEL@XRAY.BMC.UU.SE>wrote: <BR>&gt; On Thu, 2003-08-28 at 23:07, Albert Sun wrote:<BR>&gt; &gt; Dear David van der Spoel,<BR>&gt; &gt; I am testing a simple case, and prepared top and gro<BR>&gt; files as<BR>&gt; &gt; attached, when I ran EM.mdp and 9atom.mdp, and see<BR>&gt; ngmx, it has the<BR>&gt; &gt; error: segmentation fault.<BR>&gt; &gt; (em.mdp file is attached in another
 email)<BR>&gt; &gt; Could you help me to have a look?<BR>&gt; <BR>&gt; I see a system of 9 atoms in a plane which explodes<BR>&gt; after roughly 100 fs<BR>&gt; (I decreased nstxout to 5 to see it).<BR>&gt; <BR>&gt; If you do not see that, then I suggest you try to run<BR>&gt; it on a Linux or<BR>&gt; Unix box first. By the way, ngmx won't work on a DOS<BR>&gt; anyway.<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; -- <BR>&gt; Groeten, David.<BR>&gt; ________________________________________________________________________<BR>&gt; Dr. David van der Spoel, Dept. of Cell and Molecular<BR>&gt; Biology<BR>&gt; Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>&gt; phone: 46 18 471 4205 fax: 46 18 511 755<BR></BLOCKQUOTE></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</a> - Free, easy-to-use web site design software