
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=ISO-8859-1">

  <title></title>

</head>

<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

Hi Tanya,<br>

<br>

In my experience the area per lipid usually increases if you use PME

instead of a twin-range cutoff, but I've also seen long equilibration

effects before you see that, and sudden jumps if you don't minimize

first before switching. Celine Anezo looked at the effect of cutoffs

and a list of other things in a paper that just came out:<br>

<br>

C. Anezo, A.H. de Vries, H.-D. Holtje, D.P. Tieleman, S.-J. Marrink.

Methodological issues in lipid bilayer simulations, <i>J. Phys. Chem. B</i>

107, pp. 9424-9433.<br>

<br>

There's also a paper comparing cutoffs and PME just out in Biophysical

Journal. <br>

<br>

Groeten,<br>

Peter<br>

<pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Dr. D. Peter Tieleman, Associate Professor, AHFMR Scholar

Dept. Biological Sciences, University of Calgary

2500 University Dr. NW, Calgary, Alberta T2N1N4 Canada

Fax: (403) 289-9311 Web: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://moose.bio.ucalgary.ca">http://moose.bio.ucalgary.ca</a>

</pre>

</body>

</html>