<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thank you very much!&nbsp; David</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>David &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">On Wed, 2003-09-24 at 18:04, Albert Sun wrote:<BR>&gt; Dear Groeten, David and Gmx-users,<BR>&gt; I have a few stupid questions:<BR>&gt; How to simulate simple Lennard Jones particles in Gromacs? <BR>&gt; In .top file, we don't need input bond and angle data, is it right?<BR>&gt; How to specify force field in .top file<BR><BR>here's an example from the gmx testset.<BR><BR>&gt; <BR>&gt; Greatly appreciate your clarification.<BR>&gt; <BR>&gt; Thanks <BR>&gt; <BR>&gt; Albert<BR>&gt; Albert Sun <ALBERT_SUN9@YAHOO.COM>wrote: <BR>&gt; Dear David and Gmx-users,<BR>&gt; I have a few stupid questions:<BR>&gt; How to simulate simple Lennard Jones particles in Gromacs? <BR>&gt; In .top file, we don't need input bond and angle data, is it<BR>&gt; right?<BR>&gt; How to specify force field in .top file?<BR>&gt; <BR>&gt; Greatly appreciate your clarification.<BR>&gt; <BR>&gt; Thanks <BR>&gt;
 <BR>&gt; Albert<BR>&gt; Albert Sun <ALBERT_SUN9@YAHOO.COM>wrote:<BR>&gt; Dear Groeten, David<BR>&gt; How to start simple Lennard Jones particles in<BR>&gt; Gromacs?<BR>&gt; by specify force field: ffgmx<BR>&gt; thanks!<BR>&gt; <BR>&gt; Albert<BR>&gt; <BR>&gt; David <SPOEL@XRAY.BMC.UU.SE>wrote:<BR>&gt; On Sat, 2003-09-20 at 21:09, Albert Sun wrote:<BR>&gt; &gt; Hi, Dear Anton,<BR>&gt; &gt; Atoms exploded problem still remains, when I<BR>&gt; view .trr file by VMD,<BR>&gt; &gt; all atoms suddenly disappear.<BR>&gt; &gt; I tried ngmx, it had error: float exception.<BR>&gt; &gt; I tried trjconv -dump, it showed warning:<BR>&gt; "no output, trajectory ended<BR>&gt; &gt; at 3" <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; could you give me more hints ? <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; It seems to me that you have just a weird<BR>&gt; system with all atoms placed<BR>&gt; in a plane, and large forces between them.<BR>&gt; <BR>&gt; If you intend to simulate some sort of two<BR>&gt; dimensional crystal, you<BR>&gt;
 should probably start with simple Lennard<BR>&gt; Jones particles.<BR>&gt; -- <BR>&gt; Groeten, David.<BR>&gt; ________________________________________________________________________<BR>&gt; Dr. David van der Spoel, Dept. of Cell and<BR>&gt; Molecular Biology<BR>&gt; Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>&gt; phone: 46 18 471 4205 fax : 46 18 511 755<BR>&gt; spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org<BR>&gt; http://xray.bmc.uu.se/~spoel<BR>&gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>&gt; <BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to<BR>&gt; the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to<BR>&gt; gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; <BR>&gt; ______________________________________________________<BR>&gt; Do you Yahoo!?<BR>&gt; Yahoo! SiteBuilder - Free,
 easy-to-use web site design<BR>&gt; software<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ______________________________________________________________<BR>&gt; Do you Yahoo!?<BR>&gt; Yahoo! SiteBuilder - Free, easy-to-use web site design<BR>&gt; software<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ______________________________________________________________________<BR>&gt; Do you Yahoo!?<BR>&gt; Yahoo! SiteBuilder - Free, easy-to-use web site design software<BR>-- <BR>David.<BR>________________________________________________________________________<BR>David van der Spoel, PhD, Assist. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>phone: 46 18 471 4205 fax: 46 18 511 755<BR>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org http://xray.bmc.uu.se/~spoel<BR>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>Argon<BR>125<BR>1Argon AR 1 4.895 1.092 4.682 -1.1326 1.5028 -0.3139<BR>2Argon AR 2 1.156 0.524 1.448
 1.2795 -0.2792 0.8730<BR>3Argon AR 3 0.985 2.029 2.012 1.7219 -0.7373 -1.1915<BR>4Argon AR 4 4.924 0.489 3.687 -0.5243 2.0315 -0.3342<BR>5Argon AR 5 0.464 1.205 3.037 -0.6154 0.8562 -0.4888<BR>6Argon AR 6 1.330 2.145 0.086 -0.4231 -0.7396 0.5885<BR>7Argon AR 7 0.460 1.527 1.252 0.2134 0.1881 -0.0428<BR>8Argon AR 8 0.591 4.622 2.154 -0.1886 0.5678 0.9706<BR>9Argon AR 9 1.235 0.835 3.569 -0.0540 0.7621 0.2812<BR>10Argon AR 10 4.860 2.987 4.888 0.7087 0.8855 -0.0666<BR>11Argon AR 11 1.808 3.150 0.377 1.0813 -0.0937 -0.2159<BR>12Argon AR 12 0.943 2.452 0.967 -1.2118 0.9035 0.1153<BR>13Argon AR 13 0.544 3.039 2.228 -0.4095 1.2861 -0.7635<BR>14Argon AR 14 5.040 1.969 2.361 -2.3891 -0.7822 -0.2271<BR>15Argon AR 15 3.960 4.501 0.337 -0.9374 -0.6907 1.0124<BR>16Argon AR 16 1.172 3.746 0.959 0.1516 -0.1523 0.4900<BR>17Argon AR 17 2.280 3.868 1.392 0.1532 0.2206 0.4628<BR>18Argon AR 18 1.233 3.746 2.096 1.6713 0.7138 1.8370<BR>19Argon AR 19 5.024 2.452 3.417 0.2566 -0.2714 -0.0202<BR>20Argon
 AR 20 0.175 3.430 3.782 -0.1056 1.4345 0.2331<BR>21Argon AR 21 2.726 1.305 0.712 -0.0390 -1.5948 -0.5293<BR>22Argon AR 22 0.207 3.874 1.631 -2.4302 -0.0397 1.9954<BR>23Argon AR 23 0.285 4.788 3.105 0.2782 0.9295 0.2530<BR>24Argon AR 24 1.176 2.816 4.145 -0.1406 0.4559 -1.2429<BR>25Argon AR 25 4.318 4.740 4.495 0.5516 0.4663 2.1848<BR>26Argon AR 26 1.864 4.798 4.629 1.5901 -1.5084 0.3228<BR>27Argon AR 27 0.344 0.831 0.485 -0.3221 1.4094 1.0212<BR>28Argon AR 28 2.268 0.316 3.079 -0.7959 1.1356 1.9309<BR>29Argon AR 29 2.107 4.413 2.785 -0.7391 -0.3921 0.0283<BR>30Argon AR 30 0.965 0.165 4.325 0.0312 0.3614 0.0970<BR>31Argon AR 31 2.238 1.695 4.984 0.2919 -0.8347 -0.7021<BR>32Argon AR 32 1.341 1.176 0.676 0.8544 0.2996 -0.6172<BR>33Argon AR 33 0.908 2.289 3.208 0.5111 0.0979 1.3060<BR>34Argon AR 34 1.847 0.781 4.379 1.4208 0.4866 0.5295<BR>35Argon AR 35 0.366 2.406 4.456 -0.1472 0.4125 1.2066<BR>36Argon AR 36 2.901 2.956 1.493 1.2892 -0.6305 1.0128<BR>37Argon AR 37 5.058 2.524 1.464
 0.0022 -1.7319 -0.4964<BR>38Argon AR 38 2.803 2.480 3.679 -0.0907 1.2107 -1.8332<BR>39Argon AR 39 1.886 2.325 3.241 0.6276 -1.8375 -0.8451<BR>40Argon AR 40 0.836 3.294 4.991 0.6273 0.7660 -1.3883<BR>41Argon AR 41 2.035 4.724 0.719 0.3153 0.4792 2.2771<BR>42Argon AR 42 2.171 3.352 2.458 0.5924 -0.7270 -0.6602<BR>43Argon AR 43 1.658 3.025 1.570 1.8708 0.4716 -0.1615<BR>44Argon AR 44 2.015 3.318 3.592 -1.1776 -2.0891 -1.6319<BR>45Argon AR 45 1.019 4.226 0.114 -1.4335 -0.0953 -0.5499<BR>46Argon AR 46 1.621 4.722 1.731 0.3118 0.2862 0.9394<BR>47Argon AR 47 1.236 0.209 2.570 -0.3800 0.3034 -0.2262<BR>48Argon AR 48 1.107 3.405 3.175 0.7078 0.6353 -0.2058<BR>49Argon AR 49 1.036 3.980 4.023 -0.7442 0.3863 0.5171<BR>50Argon AR 50 4.942 3.959 0.028 -0.4945 -0.5427 -0.3578<BR>51Argon AR 51 2.750 2.001 1.596 0.2617 0.0781 -1.1608<BR>52Argon AR 52 1.769 1.280 1.829 1.0091 -0.0491 -1.7755<BR>53Argon AR 53 3.892 0.147 2.244 0.0665 0.3800 -0.2316<BR>54Argon AR 54 1.322 4.776 3.451 -0.7496 -0.7912
 1.4578<BR>55Argon AR 55 0.376 1.468 3.935 -0.6509 -1.8500 -0.8614<BR>56Argon AR 56 2.728 2.508 0.449 0.9513 1.5416 -0.5461<BR>57Argon AR 57 1.976 1.948 0.960 0.5224 -0.5848 -0.3202<BR>58Argon AR 58 1.479 1.402 2.795 0.0270 1.0455 0.6138<BR>59Argon AR 59 2.326 4.300 3.837 -0.5198 1.0516 -0.3477<BR>60Argon AR 60 1.583 1.807 4.061 0.5585 -0.0307 -1.4619<BR>61Argon AR 61 3.630 2.633 0.831 -2.7969 0.6538 -1.5914<BR>62Argon AR 62 2.044 2.243 2.243 -0.4373 -2.1214 2.6278<BR>63Argon AR 63 4.021 3.213 3.358 -0.0751 1.9466 -1.6609<BR>64Argon AR 64 2.475 1.342 3.562 -0.0774 -1.2108 0.4061<BR>65Argon AR 65 2.641 3.753 0.327 -0.3352 1.0297 0.1584<BR>66Argon AR 66 2.921 4.776 4.908 -0.7096 0.6935 -0.4993<BR>67Argon AR 67 3.117 4.647 0.831 0.3148 0.2864 -0.8219<BR>68Argon AR 68 3.055 3.628 3.135 1.7630 2.2576 0.7552<BR>69Argon AR 69 3.159 2.021 4.795 0.7280 1.8829 0.3458<BR>70Argon AR 70 2.079 2.608 4.588 -0.9824 0.5748 1.0455<BR>71Argon AR 71 3.146 0.714 1.366 0.1684 -0.5257 1.2033<BR>72Argon AR
 72 3.148 3.803 1.998 0.4269 -1.2197 -0.2678<BR>73Argon AR 73 3.051 4.715 2.822 -0.0300 -1.2029 -0.5454<BR>74Argon AR 74 1.833 3.775 4.732 -1.2605 -0.6808 0.2866<BR>75Argon AR 75 2.146 0.441 1.263 0.3308 -0.4730 -1.2353<BR>76Argon AR 76 3.897 1.349 0.074 0.8640 -0.4883 -1.2810<BR>77Argon AR 77 2.568 0.909 2.276 -1.3364 -0.5167 0.5504<BR>78Argon AR 78 0.750 4.609 1.037 1.6011 -0.0479 0.4901<BR>79Argon AR 79 3.895 5.063 3.489 -0.3064 -0.0822 1.2432<BR>80Argon AR 80 0.960 1.168 4.821 1.1169 -1.3025 0.0374<BR>81Argon AR 81 4.374 2.044 4.610 0.5650 -0.3312 -0.1887<BR>82Argon AR 82 2.845 1.989 2.744 1.0250 -0.9478 -0.2386<BR>83Argon AR 83 3.488 1.355 2.174 -0.7045 0.7480 -0.7522<BR>84Argon AR 84 3.232 0.861 3.156 1.1879 -0.9798 -0.4548<BR>85Argon AR 85 2.864 1.026 4.414 -1.0152 0.4205 -1.3106<BR>86Argon AR 86 4.426 3.428 0.770 -0.8505 1.5544 0.3785<BR>87Argon AR 87 3.404 2.895 2.547 -0.4559 0.2936 -0.2803<BR>88Argon AR 88 4.603 1.115 2.034 0.6018 1.7600 -0.7041<BR>89Argon AR 89 3.557 1.675
 3.847 -0.6226 -1.2764 0.5321<BR>90Argon AR 90 3.600 3.419 0.075 0.6881 0.2689 0.9736<BR>91Argon AR 91 3.401 3.726 0.994 -0.6749 -0.7556 0.0629<BR>92Argon AR 92 0.192 5.090 5.003 -0.0606 -1.0682 0.0510<BR>93Argon AR 93 4.005 3.979 2.602 -0.6517 -1.4648 0.7342<BR>94Argon AR 94 2.751 3.291 4.345 0.5387 0.1697 0.2571<BR>95Argon AR 95 4.751 4.548 0.992 -1.5935 0.0305 -1.0997<BR>96Argon AR 96 4.057 3.097 1.700 -0.1356 -0.5532 1.4938<BR>97Argon AR 97 2.915 4.913 1.863 -0.6477 -0.2058 1.1749<BR>98Argon AR 98 0.051 0.314 1.455 1.1463 -0.2553 -0.8920<BR>99Argon AR 99 3.297 4.171 3.920 1.1921 -0.5417 -0.1280<BR>100Argon AR 100 2.201 0.559 0.145 -2.1546 0.9850 -0.8281<BR>101Argon AR 101 0.404 1.902 0.234 0.2684 1.4864 0.2678<BR>102Argon AR 102 4.559 1.295 0.795 -0.8185 0.1854 3.4100<BR>103Argon AR 103 4.678 4.559 2.114 -0.2692 0.4273 0.7147<BR>104Argon AR 104 4.473 4.143 3.553 1.5132 0.6999 0.9178<BR>105Argon AR 105 2.652 0.131 3.984 0.5066 -0.9274 0.2481<BR>106Argon AR 106 4.582 2.308 0.634
 -1.1833 -0.7555 0.5142<BR>107Argon AR 107 3.620 1.557 1.056 -1.7076 -0.3213 -0.1657<BR>108Argon AR 108 4.164 0.485 1.211 -0.6023 1.7699 -0.3569<BR>109Argon AR 109 5.026 0.385 2.563 0.8574 -0.1411 -0.3869<BR>110Argon AR 110 3.964 0.708 4.178 2.3516 -0.4632 -1.6643<BR>111Argon AR 111 0.277 3.188 0.772 -1.5788 -1.8541 -1.1427<BR>112Argon AR 112 4.168 2.084 1.670 0.4183 -0.6446 -1.1332<BR>113Argon AR 113 0.614 1.006 2.078 0.3018 0.6311 -1.0163<BR>114Argon AR 114 4.244 0.910 3.035 1.3939 -0.9413 -1.2160<BR>115Argon AR 115 4.535 1.571 3.764 -0.2376 -1.2259 -1.2002<BR>116Argon AR 116 4.307 0.407 0.122 -0.2502 1.7650 -0.2933<BR>117Argon AR 117 1.214 0.252 0.313 -2.0761 -0.1607 0.1805<BR>118Argon AR 118 4.591 2.945 2.467 -1.4596 -1.4980 0.5959<BR>119Argon AR 119 4.101 2.120 2.835 2.4606 0.9035 0.7012<BR>120Argon AR 120 3.740 2.689 4.154 -0.1941 -0.6392 0.4762<BR>121Argon AR 121 3.318 0.461 0.368 0.7086 0.9908 -1.8400<BR>122Argon AR 122 3.886 4.465 1.572 0.6610 -1.2269 -0.7330<BR>123Argon AR
 123 0.023 3.795 2.729 0.3992 -2.3672 0.3457<BR>124Argon AR 124 4.287 3.674 4.386 0.4761 -0.8819 -0.9774<BR>125Argon AR 125 0.185 4.445 4.270 -1.9450 0.9183 0.9863<BR>5.10000 5.10000 5.10000<BR>; Argon<BR><BR>[ defaults ]<BR>; nb-function combinationrule<BR>1 2<BR><BR>[ atomtypes ]<BR>; type mass charge ptype sig eps<BR>AR 1.0 0.0 A 1.0 1.0 <BR><BR>[ moleculetype ]<BR>; molname nrexcl<BR>Argon 1<BR><BR>[ atoms ]<BR>; id at type res nr residu name at name cg nr<BR>1 AR 1 Argon AR 1 <BR><BR>[ system ]<BR>; systemname<BR>Argon<BR><BR>[ molecules ]<BR>; molecule number<BR>Argon 125<BR>;Argon 2<BR><BR>;<BR>; File 'mdout.mdp' was generated<BR>; By user: spoel (500)<BR>; On host: h140n2fls34o1123.telia.com<BR>; At date: Thu May 8 10:57:52 2003<BR>;<BR><BR>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<BR>title = Yo<BR>cpp = /lib/cpp<BR>include = <BR>define = <BR><BR>; RUN CONTROL PARAMETERS<BR>integrator = md<BR>; start time and timestep in ps<BR>tinit = 0.0<BR>dt = 0.002<BR>nsteps = 100<BR>; after
 checkpoint or tpbconv restart we can start on step &gt; 0<BR>init_step = 0<BR>; mode for center of mass motion removal<BR>comm-mode = Linear<BR>; number of steps for center of mass motion removal<BR>nstcomm = 1<BR>; group(s) for center of mass motion removal<BR>comm-grps = <BR><BR>; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS<BR>; Temperature, friction coefficient (amu/ps) and random seed<BR>bd-temp = 300<BR>bd-fric = 0<BR>ld_seed = 1993<BR><BR>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS<BR>; Force tolerance and initial step-size<BR>emtol = 0.001<BR>emstep = 0.1<BR>; Max number of iterations in relax_shells<BR>niter = 100<BR>; Step size (1/ps^2) for minimization of flexible constraints<BR>fcstep = 0<BR>; Frequency of steepest descents steps when doing CG<BR>nstcgsteep = 1000<BR><BR>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<BR>nstxout = 0<BR>nstvout = 0<BR>nstfout = 0<BR>; Checkpointing helps you continue after crashes<BR>nstcheckpoint = 1000<BR>; Output frequency
 for energies to log file and energy file<BR>nstlog = 0<BR>nstenergy = 1<BR>; Output frequency and precision for xtc file<BR>nstxtcout = 0<BR>xtc_precision = 1000<BR>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can<BR>; select multiple groups. By default all atoms will be written.<BR>xtc-grps = <BR>; Selection of energy groups<BR>energygrps = Argon<BR><BR>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>; nblist update frequency<BR>nstlist = 1<BR>; ns algorithm (simple or grid)<BR>ns_type = simple<BR>; Periodic boundary conditions: xyz or no<BR>pbc = xyz<BR>; nblist cut-off <BR>rlist = 2.5<BR>domain-decomposition = no<BR><BR>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>; Method for doing electrostatics<BR>coulombtype = Cut-off<BR>rcoulomb-switch = 0<BR>rcoulomb = 2.5<BR>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<BR>epsilon_r = 1<BR>; Method for doing Van der Waals<BR>vdw-type = Cut-off<BR>; cut-off lengths <BR>rvdw-switch = 0<BR>rvdw = 2.5<BR>; Apply long range dispersion
 corrections for Energy and Pressure<BR>DispCorr = No<BR>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>fourierspacing = 0.12<BR>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<BR>fourier_nx = 10<BR>fourier_ny = 10<BR>fourier_nz = 10<BR>; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>pme_order = 4<BR>ewald_rtol = 1e-05<BR>ewald_geometry = 3d<BR>epsilon_surface = 0<BR>optimize_fft = no<BR><BR>; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS<BR>; Algorithm for calculating Born radii<BR>gb_algorithm = Still<BR>; Frequency of calculating the Born radii inside rlist<BR>nstgbradii = 1<BR>; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms<BR>; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps<BR>rgbradii = 2<BR>; Salt concentration in M for Generalized Born models<BR>gb_saltconc = 0<BR><BR>; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)<BR>implicit_solvent = No<BR><BR>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>; Temperature coupling <BR>tcoupl = no<BR>; Groups to couple
 separately<BR>tc-grps = Argon<BR>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<BR>tau_t = 0.1<BR>ref_t = 120<BR>; Pressure coupling <BR>Pcoupl = no<BR>Pcoupltype = Isotropic<BR>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<BR>tau_p = 1.0<BR>compressibility = <BR>ref_p = 1.0<BR>; Random seed for Andersen thermostat<BR>andersen_seed = 815131<BR><BR>; SIMULATED ANNEALING <BR>; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)<BR>annealing = no<BR>; Number of time points to use for specifying annealing in each group<BR>annealing_npoints = <BR>; List of times at the annealing points for each group<BR>annealing_time = <BR>; Temp. at each annealing point, for each group.<BR>annealing_temp = <BR><BR>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<BR>gen_vel = no<BR>gen_temp = 120<BR>gen_seed = 173529<BR><BR>; OPTIONS FOR BONDS <BR>constraints = none<BR>; Type of constraint algorithm<BR>constraint_algorithm = Lincs<BR>; Do not constrain the start
 configuration<BR>unconstrained_start = no<BR>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations<BR>Shake-SOR = no<BR>; Relative tolerance of shake<BR>shake_tol = 0.0001<BR>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix<BR>lincs_order = 4<BR>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for<BR>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.<BR>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.<BR>lincs-iter = 1<BR>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond<BR>; rotates over more degrees than<BR>lincs_warnangle = 30<BR>; Convert harmonic bonds to morse potentials<BR>morse = no<BR><BR>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS<BR>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded<BR>energygrp_excl = <BR><BR>; NMR refinement stuff <BR>; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble<BR>disre = No<BR>; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or
 Equal<BR>disre_weighting = Equal<BR>; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation<BR>disre_mixed = no<BR>disre_fc = 1000<BR>disre_tau = 1.25<BR>; Output frequency for pair distances to energy file<BR>nstdisreout = 100<BR>; Orientation restraints: No or Yes<BR>orire = no<BR>; Orientation restraints force constant and tau for time averaging<BR>orire-fc = 0<BR>orire-tau = 0<BR>orire-fitgrp = <BR>; Output frequency for trace(SD) to energy file<BR>nstorireout = 100<BR>; Dihedral angle restraints: No, Simple or Ensemble<BR>dihre = No<BR>dihre-fc = 1000<BR>dihre-tau = 0<BR>; Output frequency for dihedral values to energy file<BR>nstdihreout = 100<BR><BR>; Free energy control stuff<BR>free_energy = no<BR>init_lambda = 0<BR>delta_lambda = 0<BR>sc-alpha = 0<BR>sc-sigma = 0.3<BR><BR>; Non-equilibrium MD stuff<BR>acc-grps = <BR>accelerate = <BR>freezegrps = <BR>freezedim = <BR>cos-acceleration = 0<BR><BR>; Electric fields <BR>; Format is number of terms (int) and for all
 terms an amplitude (real)<BR>; and a phase angle (real)<BR>E-x = <BR>E-xt = <BR>E-y = <BR>E-yt = <BR>E-z = <BR>E-zt = <BR><BR>; User defined thingies<BR>user1-grps = <BR>user2-grps = <BR>userint1 = 0<BR>userint2 = 0<BR>userint3 = 0<BR>userint4 = 0<BR>userreal1 = 0<BR>userreal2 = 0<BR>userreal3 = 0<BR>userreal4 = 0<BR></BLOCKQUOTE><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</a> - Free, easy-to-use web site design software