<html>
<blockquote type=cite class=cite cite>My system is DPPC bilayer with
water outside and two coumaryl molecules<br>
in the middle. However, after run the MD, I find some DPPC molecules
run<br>
out of the bilayer and mixed with water. The high ordered arrangement
of<br>
DPPC bilayer has changed too much. But I want the DPPC and water to
be<br>
the environment and relatively fixed, and only coumaryls in the
middle<br>
can move freely. I will be appreciate if someone tell me how to
achieve<br>
this?</blockquote><br>
That sounds rather unusual.&nbsp; What time frame of the simulation is
this?<br><br>
Unless something is wrong with the confirmation or the simulation, even
in a 100 ns simulation it is very unlikely to see a lipid molecule
actually leave the bilayer.<br><br>
Are you using anisotropic pressure coupling to allow the box to deform
with the bilayer as it relaxes to its stable state?<br><br>
Catch ya,<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
<b>Dr. Dallas Warren<br>
</b><i>Research Fellow<br>
</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>
Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>
</u></font>+61 3 9903 9083<br>
<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>
<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to
resemble a nail.</font></i></html>