
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2600.0" name=GENERATOR></HEAD>


<BODY text=#000000 bgColor=#505a61>


<P><FONT color=#ffffff>Dear gmx-users,</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have tried to user semiisotropic 


coupling to simulate the octane slab for inserting the ion channel into it. My 


coupling parameters are following:</FONT></P>


<P>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=&nbsp; 


berendsen<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=&nbsp; 


semiisotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=&nbsp; 1.0 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5 1e-30 


<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=&nbsp; 1.0 1.0</P>


<P>E_&nbsp;z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 2.5&nbsp; 0</P>


<P>But my octane slab crashed with 1ns. I do not know the reason. Would you 


please give me some advices?</P>


<P>If I&nbsp; changed the pressure of x/y direction to 2, the density of octane 


will be changed. But I do not know the right density of octane slab.</P>


<P>Thanks for any advances.</P>


<P>Best wishes,</P>


<P>nanyu</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>&nbsp;</P></BODY></HTML>