<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <title></title>
</head>
<body>
 
<table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0">
  <tbody>
    <tr>
      <th valign="baseline" align="right" nowrap="nowrap"><br>
      </th>
      <td><br>
      </td>
    </tr>
    <tr>
      <th valign="baseline" align="right" nowrap="nowrap"><br>
      </th>
      <td><br>
      </td>
    </tr>
    <tr>
      <th valign="baseline" align="right" nowrap="nowrap"><br>
      </th>
      <td><br>
      </td>
    </tr>
    <tr>
      <th valign="baseline" align="right" nowrap="nowrap"><br>
      </th>
      <td><br>
      </td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
<pre>Dear All,
 I am learning to use FEP to get the bind free energy difference between 
two totally different ligands bound a protein. The number of atoms 
varies between the ligands. Does gromacs require the same number of 
atoms between sytem A and B? If not, how does the interpolation work 
between the ligands with different atom numbers? Should I use dummy 
atoms to match the atom numbers between the ligands? Thanks for any input.

Q. Zou , Ph D.
Indiana University


</pre>
</body>
</html>