<html>
<blockquote type=cite class=cite cite>You can still first do it
'manually' with trjconv, with the added advantage<br>
that it only has to be done once, and you can check if it is done the
way<br>
you expect it to. Having said that, the last time I tried either -pbc
nojump,<br>
or the 'cluster' option, it didn't work the way I expected (but I also
did<br>
not have time then to get to the bottom of it).</blockquote><br>
Yeah, I have some trajectories where it does an OK job, others where I
have tried so many options and combinations to try and get it to get
things all together in the center of the box, to no avail.<br><br>
What I was actually suggesting is that the scripts can go over the pbc,
out one side and in the other, as if it was within the box.&nbsp; Since
it is continuous anyway with the simulation, shouldn't it also be with
the analysis scripts?<br><br>
Catch ya,<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
<b>Dr. Dallas Warren<br>
</b><i>Research Fellow<br>
</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>
Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>
</u></font>+61 3 9903 9083<br>
<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>
<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to
resemble a nail.</font></i></html>