<DIV>How to avoid removing the centre&nbsp;of mass motion?</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>David &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">On Fri, 2003-11-07 at 03:13, Albert Sun wrote:<BR>&gt; Dear Users,<BR>&gt; <BR>&gt; I found that accelerate line did not work when mdrun.<BR>&gt; <BR>&gt; In these mdruns, I did not apply pressure coupling, and temperature<BR>&gt; coupling.<BR>&gt; <BR>&gt; I tested 4 accelerate values respectively from 1.0e-5, 1.0, 1.0e10 <BR>&gt; to 1.0e+25 for whole system.<BR>&gt; <BR>&gt; the system has no movement.<BR>&gt; <BR>&gt; Do you think it is right?<BR>you probably are removing the center of mass motion<BR>units are MD units (chapter 2)<BR>&gt; <BR>&gt; Thanks<BR>&gt; <BR>&gt; Albert<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ______________________________________________________________________<BR>&gt; Do you Yahoo!?<BR>&gt; Protect your identity with Yahoo! Mail AddressGuard<BR>--
 <BR>David.<BR>________________________________________________________________________<BR>David van der Spoel, PhD, Assist. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden<BR>phone: 46 18 471 4205 fax: 46 18 511 755<BR>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org http://xray.bmc.uu.se/~spoel<BR>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://antispam.yahoo.com/whatsnewfree">Protect your identity with Yahoo! Mail AddressGuard</a>