<DIV>Hi, David</DIV>
<DIV>Thank you very much!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I got a .top file for Simple L-J simulation from you a few weeks ago.</DIV>
<DIV>I&nbsp; added&nbsp;in another type of atom C into this .top file, as below&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P>[ defaults ]</P>
<P>; nb-function combinationrule</P>
<P>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;2</P>
<P>[ atomtypes ]</P>
<P>; type mass charge ptype sig eps</P>
<P>AR &nbsp;15.011&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp; &nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.12340E-02&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.23574E-05 </P>
<P>C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0 &nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.23402E-02&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.33740E-05 </P>
<P>[ moleculetype ]</P>
<P>; molname nrexcl</P>
<P>Argon 1</P>
<P>Carbon 2</P>
<P>[ atoms ]</P>
<P>; id at type res nr residu name at name cg nr</P>
<P>1&nbsp; AR &nbsp;1 &nbsp;Argon &nbsp;AR &nbsp;1 </P>
<P>2&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;Carbon &nbsp;C &nbsp; 2</P>
<P>[ system ]</P>
<P>; systemname</P>
<P>Argon</P>
<P>[ molecules ]</P>
<P>; molecule number</P>
<P>Argon 1000</P>
<P>Carbon 729</P></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>But &nbsp;when&nbsp; grompp, it had errror messgae &nbsp;&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P>Fatal error: Moleculetype Argon contains no atoms</P></FONT></DIV>
<DIV>Do&nbsp;you know&nbsp;any problem in the modified .top file&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR><B><I>David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">On Sat, 8 Nov 2003, Albert Sun wrote:<BR><BR>&gt;Hi, David, <BR>&gt;I could not understand why I can ONLY have 1 particle per cubic length unit, not<BR>&gt;more?<BR>vanderwaals radius is 1<BR>&gt;Thanks!<BR>&gt; <BR></BLOCKQUOTE><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://antispam.yahoo.com/whatsnewfree">Protect your identity with Yahoo! Mail AddressGuard</a>