<DIV>Thanks, Ran,</DIV>
<DIV>I am using VMD uder Windows.</DIV>
<DIV>I could not find where&nbsp;should&nbsp;I start </DIV>
<DIV>set sel [atomselect top "Name" ]</DIV>
<DIV>$set sel radius</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Is it under Molecule or Graphics or Display?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Appreciate you could advise me.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Regards,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Albert</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>Ran Friedman &lt;ran@hemi.tau.ac.il&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">Dear Albert, 
<P>You can change the radii in VMD. Below as an example for sulphur atoms in proteins: 
<P><TT>set sel [atomselect top "name SG or name SE"]</TT> <BR><TT>$sel set radius 1.775</TT> 
<P>The name is the name of the atom in the topology file (in this case, it's a pdb file). 
<P>Ran. 
<P>Albert Sun wrote: 
<BLOCKQUOTE TYPE="CITE">&nbsp; 
<P>Dear users, 
<P>I am using VMD to view&nbsp; .trr files from Gromacs, and found that all atoms appear in the same radius. 
<P>I don't know if can change the radius of atoms when view the atoms, either by Gromacs or by VMD. Appreciate you can advise me. 
<P>Many Thanks, 
<P>Albert 
<P>
<HR SIZE=1>
Do you Yahoo!? <BR><A href="http://antispam.yahoo.com/whatsnewfree">Protect your identity with Yahoo! Mail AddressGuard</A></BLOCKQUOTE><PRE>--&nbsp;
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Laser laboratory for fast reactions in biology
Department of biochemistry
Faculty of life sciences
Tel-Aviv university
972-3-6409824
------------------------------------------------------</PRE>&nbsp; </BLOCKQUOTE><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://antispam.yahoo.com/whatsnewfree">Protect your identity with Yahoo! Mail AddressGuard</a>