<html>

<head>

</head>

<body>

Dear Luciano,<br>

<br>

When a message appears during an attempt to minimize a system using SD:<br>

<pre wrap="">Stepsize too small... Converged to machine precision..." it essentially means that the SD algorithm has problems and that it is time to switch to the CG. It&nbsp;may also be helpful to delete the SOL molecules that experience excessive forces during both SD and CG and reminimize. Monitor forces in the standard (screen) output during EM. You may also find that&nbsp;EM performs better with double precision fftw libraries. To recompile gmx with double precision:  make clean ./configure --disable-float make make install For the fftw with double precision it is just: ./configure etc. Finally, it may be necessary to submit the system&nbsp;to multiple iterations of SD and CG, gradually decreasing emtol, followed by deletion of unwanted atoms with&nbsp;large forces after each iteration. Regards, Martina Bertsch, Ph.D.

Northwestern University

Feinberg School of Medicine

Molecular Pharmacology and Biol

ogical Chemistry

303 East Chicago Avenue

Chicago, IL 60611<br></pre>

<br>

<br>

Luciano wrote:<br>

<blockquote type="cite" cite="mid:1ed1b81ed09c.1ed09c1ed1b8@universiabrasil.net">

  <pre wrap="">Hi gmx-users and specially David and Anton very very thanks for advise.<br><br>I have been read the last mails about EM (SD and CG) and doing EM to my<br>system (<br>protein + water) without pbc it have showed to emtol = 10000:<br><br>Conjugate Gradients:<br>   Tolerance         =  1.00000e+04<br>   Number of steps   =         1000<br>   F-Norm            =  1.21548e+05<br><br>Step 1, E-Pot = 7.2018726562e+04, Fmax =  8.01764e+03, atom = 1155<br><br>writing lowest energy coordinates.<br><br>Back Off! I just backed up octa20orig.trr to ./#octa20orig.trr.15#<br><br>Back Off! I just backed up after_em_pr.gro to ./#after_em_pr.gro.15#<br><br><br>But when I set emtol = 7000 to next step the result was:<br><br>Conjugate Gradients converged to 10000 in 2 steps<br>  Potential Energy  =  7.20187e+04<br>Maximum force:  8.01764e+03<br><br><br>Negative w:  -5.389869190490e+21<br>z=  -2.909245276160e+11<br>gpa=   3.167263553258e+11, gpb=   2.842420549736e+11<br>a=   0.0000

00000000e+00, b=   1.130758611745e-10<br>EpotA=   7.016328906250e+04, EpotB=   7.019690625000e+04<br>Negative number for sqrt encountered (-5389869190490223542272.000000)<br>Terminating minimization<br><br>writing lowest energy coordinates.<br><br>Back Off! I just backed up octa20orig.trr to ./#octa20orig.trr.16#<br><br>Back Off! I just backed up after_em_pr.gro to ./#after_em_pr.gro.16#<br><br>Conjugate Gradients did not converge in 3 steps<br>  Potential Energy  =  7.01633e+04<br>Maximum force:  3.67083e+05<br>What are the terms z, gpa, gpb, a and b? Why the negative number for sqrt?!<br>What I should do?! About the message of Martina Bert, Sun, 16 Nov 2003<br>01:53:35 -0600, what the matter when the message comes up?<br><br>"Stepsize too small (... nm) Converged to machine precision"<br><br>Thanks in advance...<br><br>Luciano<br><br><br>######################################################<br>               Luciano Tavares da Costa<br>             Mestre em Engenharia Qu&

iacute;mica<br>   icq #232852036 ; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:ltcosta@universiabrasil.net">ltcosta@universiabrasil.net</a>  <br>    Doutorando Laborat&oacute;rio de Biofisicoqu&iacute;mica<br>              Instituto de Qu&iacute;mica - USP<br>             <br>######################################################<br><br><br>------------------------------------------------------------------------<br>Vote no Universia para o Pr&ecirc;mio IBest 2004 e concorra a uma<br>viagem para Trancoso.<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.universiabrasil.net">www.universiabrasil.net</a><br><br></pre>

  <center>

  <table border="1">

    <tbody>

      <tr>

        <td>

        <div align="Right" class="headerdisplayname" style="display: inline; ">

Part 1.1</div>

        </td>

        <td>

        <table border="0">

          <tbody>

            <tr>

              <td>

              <div align="Right" class="headerdisplayname" style="display: inline; ">

Content-Type:</div>

              </td>

              <td>text/plain</td>

            </tr>

            <tr>

              <td>

              <div align="Right" class="headerdisplayname" style="display: inline; ">

Content-Encoding:</div>

              </td>

              <td>quoted-printable</td>

            </tr>

          </tbody>

        </table>

        </td>

      </tr>

    </tbody>

  </table>

  </center>

  <br>

  <br>

  </blockquote>

  <br>

  </body>

  </html>