<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE>MPI</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=Windows-1252">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1276" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In order to run in 
parallel you first need to run the mpi by lammpi -v bhost.def which instruct the 
mpi which machine to use and how many CPU each machine has. You can read more 
about it at the lam-mpi page.&nbsp; Second&nbsp;use the -np # flag when compile 
the md.mdp file.&nbsp; Last you need to run the program through the mpirun by 
mpirun -np # mdrun&nbsp;... -np #.&nbsp; Fourth take yourself a cup of coffee, 
end wait.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Itamar.</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=PNAGY@UTNet.UToledo.Edu href="mailto:PNAGY@UTNet.UToledo.Edu">Nagy, 
  Peter I.</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Wednesday, December 10, 2003 7:36 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [gmx-users] MPI</DIV>
  <DIV><BR></DIV><!-- Converted from text/plain format -->
  <P><FONT size=2>Dear GROMACS Users,<BR><BR>&nbsp;&nbsp; Recently we downloaded 
  GROMACS 3.1.4, and since we want to run it with<BR>a dual processor under 
  Linux on a RedHat machine, fttw-lammpi and gromacs-mpi<BR>modules (is it the 
  proper term?) were also downloaded.<BR>&nbsp;&nbsp; The question is: was it 
  enough to download the 3+2 modules, as indicated in<BR>the download 
  instructions to activate the dual processor, or further configu-<BR>rations 
  are needed. Furthermore, will I see any indications when running GROMACS that 
  it is using both processors?</FONT><FONT size=2><BR></FONT><FONT 
  size=2><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks, Peter Nagy, 
  pnagy@utnet.utoledo.edu</FONT> <FONT size=2></FONT></P>
  <P><FONT size=2><BR>---<BR>Outgoing mail is certified Virus Free.<BR>Checked 
  by AVG anti-virus system (<A 
  href="http://www.grisoft.com">http://www.grisoft.com</A>).<BR>Version: 6.0.548 
  / Virus Database: 341 - Release Date: 
12/5/2003</FONT></P></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>