<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1170" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>What do you mean by " on processing 
protein?".</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Are you refering to the pdb2gmx 
convertion?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Than (or then?, have to check my grammar), use -ter 
-lys -asp -glu -his ( or just -inter) to choose the charge to be used on the 
protein terminus and on the ionizable residues.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Regards,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>NUno</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>P.S.1. Pease check the e-mail list. Claudio Soares 
has posted some very good answers/sugestions about the pH issue.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>P.S.2. BTW, merry christmas to all you people. 
Let's make the next year better than this one. And try to remember that 
althought science and computers are greate, our family and friends are 
super.</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=chuanmingwang@hotmail.com 
  href="mailto:chuanmingwang@hotmail.com">wang chuanming</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, December 23, 2003 8:47 
  AM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [gmx-users] PH value</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>
  <DIV class=RTE>Dear all,</DIV>
  <DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
  <DIV class=RTE>How I set PH value of the solvent on processing protein ?</DIV>
  <DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
  <DIV class=RTE>Thanks in advance!</DIV>
  <DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
  <DIV class=RTE>wang chuanming</DIV>
  <DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
  <DIV class=RTE>2003-12-23</DIV></DIV><BR clear=all>
  <HR>
  使用 <A href="http://g.msn.com/8HMACNCN/2734??PS=">MSN Messenger 
  </A>与联机的朋友进行交流 _______________________________________________ 
  gmx-users mailing list <A 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> <A 
  href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A> 
  Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org. </BLOCKQUOTE></BODY></HTML>