<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2730.1700" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY><!-- Converted from text/plain format -->
<P>Hi all,<BR><BR>I am trying to use the All Hydrogen forcefield (<STRONG>option 
1</STRONG> of <EM>pdb2gmx</EM>) for simulation of a 
protein.&nbsp;&nbsp;<BR><BR>The protein has a net charge of net charge is -1. 
The neutralization is done using <EM>genion</EM> and the .top file is modified 
(reduce no of solvent by one; add one Na molecule; add #include "ions.itp" line 
in ).<BR><BR>Next for energy minimization grompp is used for generating the .tpr 
file but it gives an error:&nbsp;<BR>"Fatal error: atomtype K not 
found"<BR><BR>There is no error&nbsp;if Gromacs force field (<STRONG>option 
0</STRONG> of <EM>pdb2gmx</EM>) is used.<BR><BR>We need to use explicit 
hydrogens for our simulation but are stuck here .. any pointers ?<BR><BR>Thnx in 
advance </P>
<P><FONT size=2><FONT size=3>Sandeep</FONT><BR><BR>---<BR>Sandeep 
Somani<BR>Research Associate<BR>BioInformatics Institute<BR>Singapore<BR><A 
href="http://www.bii.a-star.edu.sg/~ssomani/">http://www.bii.a-star.edu.sg/~ssomani/</A><BR><BR>"Not 
everything that counts can be counted, and not everything that can be counted 
counts." -- Einstein 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR></P></FONT></BODY></HTML>