
<!doctype html public "-//W3C//DTD W3 HTML//EN">

<html><head><style type="text/css"><!--

blockquote, dl, ul, ol, li { padding-top: 0 ; padding-bottom: 0 }

 --></style><title>Re: [gmx-users] How to get the all atom topology

file for</title></head><body>

<blockquote type="cite" cite>

<blockquote type="cite" cite><tt><br></tt></blockquote>

</blockquote>

<blockquote type="cite" cite>Hi Yuhua<br>

<br>

I need to build a topology manualy and it was a hard work, but after

you do the first one you will see that the work is not so

hard.</blockquote>

<blockquote type="cite" cite>You can look at file ffoplsaa.atp and

find the atom types that are better for your molecule. After this, you

can add a new fragment in ffoplsaa.rpt with this atom types you

choose. Now you can use a pdb file of your molecule with pdb2gmx and

get your topology.<br>

</blockquote>

<div><br></div>

<div>But doesn't pdb2gmx only work is there are valid amino-acid

residue types specified in your pdb-file? If this is a small drug

molecule I can imagine that it isn't made from amino-acids.</div>

<div><br></div>

<div>Cheers,</div>

<div>Peter</div>

</body>

</html>