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<html>

In addition to what Andreas wrote:

1. You need to have a neutral system when you work with PME.

<br>2. Even if the system is neutral, you may want to add some excess ions

in order to screen some of the interactions between charged side chains.

Ran.

<p>Andreas Kukol wrote:

<blockquote TYPE=CITE>Dear Itamar,

<p>Unfortunately the small box is not the real world, but we would like

it to be as real as possible. Therefore I think adding ions to neutralise

the system is important.

<br>Also think about periodic boundary conditions creating an infinitly

large system, which we would not expected to be charged.

<p>If you explicitly wan't to simulate a single molecule, e.g. ionic complexes

in the gas phase, single ion channel events or compare with atomic force

microscopy measurements charged systems might be useful (although I am

not sure).

<p>Best wishes

<br>Andreas

<p>>>> ikass@cc.huji.ac.il 03/02/2004 16:03:32 >>>

<br>&nbsp;&nbsp; Hi all, in the system I have protein in membrane, DMPC

and water, and

<br>the net charge is -2, were the simulation box is

<br>6.1082x6.1082x6.6675nm.&nbsp; In the literature I see that people add

ions

in order to prevent net charge in the system (etc. Forrest et. al.

2000

<br>Biophys J. 78:55-69).

<br>&nbsp;&nbsp; My question is does it important?&nbsp; After all, in

the real world such

small box does not has net charge of zero 100% of the time.

&nbsp;&nbsp; thanks, Itamar.

<p>********************************************

<br>Computers are like airconditioners... They don't work well with Windows

open.

<br>********************************************

<p>===========================================

<br>| Itamar Kass

<br>| The Alexander Silberman

<br>| Institute of Life Sciences

<br>| Department of Biological Chemistry

<br>| The Hebrew University, Givat-Ram

<br>| Jerusalem, 91904, Israel

<br>| Tel: +972-(0)2-6585146

<br>| Fax: +972-(0)2-6584329

<br>| Email: ikass@cc.huji.ac.il

<br>| Homepage:

<br><a href="http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/itamar/itamar_homepage.html">http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/itamar/itamar_homepage.html</a>

<br>============================================

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<p>&nbsp;+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

<br>&nbsp;This Mail Was Scanned By Mail-seCure System

<br>&nbsp;at the Tel-Aviv University CC.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

------------------------------------------------------

Ran Friedman

Laser laboratory for fast reactions in biology

Department of biochemistry

Faculty of life sciences

Tel-Aviv university

972-3-6409824

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&nbsp;</html>