<html>
Did you use the hydrocarbon parameters in <br><br>
<font face="Times, Times">Chiu, S. W., Clark, M. M., Jakobsson, E.,
Subramaniam, S., and H. L. Scott. 1999b. Optimizations of hydrocarbon
chain interaction parameters: Application to the simulation of fluid
phase lipid bilayers.&nbsp; <i>J. Phys. Chem.
</font><font face="MS Serif, Geneva"> B </i>103:6323-6327<br><br>
</font>I think these are the right united atom parameters because they
match the specific volume of the fluid hydrocarbons over all chain
lengths, and that provides just the right number of constraints to
determine the parameters unambiguously.<br><br>
Eric <br><br>
At 11:09 AM 2/2/2004 -0500, you wrote:<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi all.<br><br>
I am simulating a monolayer system of eicosanoic acid (arachidic acid)
on<br>
SPC water.&nbsp; We are trying to simulate a Langmuir trough experiment
in which<br>
lateral pressure is monitored as a function of the molecular packing
density<br>
(perimeter area).&nbsp; I have tried to use several different united
atoms for<br>
the hydrocarbon tails, however, the resulting Pi-A diagram is always
shifted<br>
to higher packing densities (e.g. from 18.5 A^2/molecule to 17.5<br>
A^2/molecule) in each case.&nbsp;&nbsp; The shift in the Pi-A diagram is
not feasible<br>
as the cross-sectional area of the fatty is 18.5 A^2/molecule.&nbsp;
Below are<br>
three of the systems.<br><br>
System 1:&nbsp; GMX forcefield with CH2 and CH3 united atoms.<br>
System 2:&nbsp; GMX forcefield with CP2 and CP3 united atoms.<br>
System 3:&nbsp; GMX forcefield with LP2 and LP3 united atoms.<br><br>
My suspicion is that the shift in the Pi-A diagram has less to do with
the<br>
tail interactions (in this case) and more to do with the headgroup<br>
interactions.&nbsp; Does this occur because I am using the GMX carbonyl
carbon,<br>
GMX carbonyl oxygen, GMX carboxyl oxygen, and GMX hydrogen for the
headgroup<br>
atoms?&nbsp; My headgroup has no net charge, but the headgroup atoms have
the<br>
same partial charges as the lauroic acid topology file provided with
the<br>
distribution.&nbsp; I have plotted the LJ potentials of the tail atoms
and<br>
headgroup atoms for the above three systems as well as for the ffOPLS
and<br>
ffG43a2 forcefields.&nbsp; It does not seem that the headgroup atoms for
ffOPLS<br>
and ffG43a2 are drastically different.&nbsp; Do I need to parameterize
headgroup<br>
atoms for this particular application?&nbsp; If so, does anyone have
any<br>
suggestions?<br><br>
Thanks,<br>
Roger McMullen<br><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list<br>
gmx-users@gromacs.org<br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" eudora="autourl">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
---------------------------------<br>
Eric Jakobsson, Ph.D.<br>
Professor, Department of Molecular and Integrative Physiology, and of
Biochemistry<br>
Senior Research Scientist, National Center for Supercomputing
Applications<br>
Professor, Beckman Institute for Advanced Science and Technology<br>
4021 Beckman Institute, mc251<br>
405 N. Mathews Avenue<br>
University of Illinois, Urbana, IL 61801<br>
ph. 217-244-2896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fax
217-244-2909<br><br>
(Currently on leave to NIH to serve as Director of Center for
Bioinformatics and Computational Biology at the National Institute of
General Medical Sciences and Chair of the NIH Biomedical Information
Science and Technology Initiative Consortium.&nbsp; Usual schedule is
four days a week at NIH and three days a week at Illlinois.)<br><br>
<br>
</html>