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<DIV><FONT face=Arial size=2>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Hello, Dear </SPAN><FONT 
face="Times New Roman"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt">gmx-users,</SPAN><SPAN 
style="FONT-FAMILY: 'Arial Unicode MS'"><?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">I have a question about 
g_lie.&nbsp; I embedded a membrane protein-ligand complex in the lipid bilayer 
and performed the usual MD simulation.&nbsp; I&nbsp;wish that I could use 
the&nbsp;resulting&nbsp;energy file to estimate the ligand binding affinity. 
&nbsp;So the "solvents" here include the&nbsp;water, lipid bilayer 
and&nbsp;ion.&nbsp; Then how can I calculate the Elj and&nbsp;Eqq&nbsp;at its 
unbound&nbsp;state?&nbsp; </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Can someone help me to 
clarify the procedure to calculate the linear interaction energy?<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Is the following steps 
right?<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><SPAN style="mso-spacerun: yes"><FONT 
face="Times New Roman"></FONT></SPAN></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Perform the usual MD 
simulation the solvated protein-ligand complex </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Perform another MD 
simulation for free ligand and water. (If so,&nbsp;are there any specific 
requirements for the solvent system here? Do they have to be the same as the 
"solvent" system in the above step?) </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Calculate the&nbsp;average 
value of LJ and Coulomb&nbsp;interaction energies between free ligand and water 
as the input for Elj and Eqq<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Thanks a lot!<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Jerry 
Song</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt"><FONT face="Times New Roman">Department of 
Chemistry<o:p></o:p></FONT></SPAN></P><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">Rensselaer 
Polytechnic Institute</SPAN></FONT></DIV></BODY></HTML>