<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

I think that "steered MD" is something like the pull option in Gromacs,

therefore I doubt if that's the right approach here...

Ran.

<p>Kay Gottschalk wrote:

<blockquote TYPE=CITE>Can't you use NOE-like restraints with increasing

force constants to

<br>drive the system where you want it? There are quite a few papers by

<br>Schulten and Karplus about 'steered MD', I think. I don't know how

they

implemented it, though.

<br>K.

<p>On Feb 9, 2004, at 12:25 PM, Anthony Ivetac wrote:

<p>> Thanks David. However, rather than interpolating the intermediates

<br>> between 2 end-point structures, I am trying to get to the 'open'

state

<br>> from the 'closed' state through MD, because I am interested in seeing

> the impact of this 'opening' motion on an adjacent subunit.

<br>>

<br>> I have no experience of playing with the Gromacs code - does anyone

<br>> know

<br>> how easy it would be to modify the potential energy function to include

<br>> some distance contraints? For example, for every step, I would want

to

<br>> calculate the RMSD between the current structure in the simulation

and

<br>> the 'end-point' structure -> RMSDs closer to the end-point would

be

> encouraged and RMSDs away from the end-point would be penalised.

<br>>

<br>> Many thanks!

<br>>

<br>>

<br>> David van der Spoel wrote:

<br>>

<br>>>> I'm wondering if anyone has implemented a modified version of Gromacs

<br>>>> which will handle the directed simulation of a protein moving from

<br>>>> one

>>> conformation to another?

<br>>>

<br>>> **********************************************************************

<br>>> **

<br>>> Not really, but you can use the g_morph or g_dyndom program to

<br>>> generate

<br>>> a trajectory connecting two structures. Then you can take these

<br>>> structures and minimize them. The latter program assumes that you

have

<br>>> used the dyndom program beforehand (which is not part of gromacs,

but

<br>>> is

<br>>> in CCP4.)

<br>> >**********************************************************************

<br>> *

<br>>>

<br>>>> For example, given 2 crystal structures of a protein in an 'open'

and

<br>>>> 'closed' state - we would start from the closed state and direct

the

<br>>>> protein towards the open state. This could be done by measuring

the

<br>>>> RMSD

<br>>>> between the simulated structure and the 'target' structure at each

<br>>>> step

<br>>>> - encouraging progressively smaller RMSD values until the simulated

<br>>>> structure superimposes with the target structure (using some sort

of

<br>>>> penalty function).

<br>>>>

<br>>>> This is basically the strategy used by Guilbert et al. in their

Path

>>> Exploration with Distance Constraints (PEDC) method.

<br>>>>

<br>>>> If anyone knows of any other techniques to direct a protein from

one

>>> conformation to another, with GMX, please let me know!

<br>>>>

<br>>>> Many thanks.

<br>>>>

<br>>

<br>>

<br>> _______________________________________________

<br>> gmx-users mailing list

<br>> gmx-users@gromacs.org

<br>> <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www

> interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

<br>>

<br>Dr. Kay-E. Gottschalk

<br>Department of Biological Chemistry

<br>Weizmann Institute of Science

<br>Rehovot

<br>Israel

<p>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

<p>&nbsp;+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

<br>&nbsp;This Mail Was Scanned By Mail-seCure System

<br>&nbsp;at the Tel-Aviv University CC.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

------------------------------------------------------

Ran Friedman

Laser laboratory for fast reactions in biology

Department of biochemistry

Faculty of life sciences

Tel-Aviv university

972-3-6409824

------------------------------------------------------</pre>

&nbsp;</html>