<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1276" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV>Hello,</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have installed gromacs on an SGI Origin 3800, and tried running the 
tutorial gmxdemo. </DIV>
<DIV>I have no problem running the serial version, but when I modify the 
script&nbsp;and try to run the parallel version with mpirun, I get the following 
errors,</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>input:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>grompp_d -np 1 -f&nbsp;em -c ${MOL}_b4em -p ${MOL} 
-o ${MOL}_em &gt;&amp; ! output.grompp_em</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>mpirun -np 1 mdrun_mpi -np 1 -nice 4 -s ${MOL}_em 
-o ${MOL}_em -c ${MOL}_b4pr -v &gt;&amp; ! output.mdrun_em</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>output:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>MPI: MPI_COMM_WORLD rank 0 has terminated 
without calling MPI_Finalize()</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>MPI: aborting job</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Also, if I increase the number of processes to 4, I 
get the following error</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>input:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>grompp_d -np&nbsp;4 -f&nbsp;pr -c ${MOL}_b4pr -r 
${MOL}_b4pr&nbsp;-p ${MOL} -o ${MOL}_pr &gt;&amp; ! 
output.grompp_pr</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>mpirun -np&nbsp;4 mdrun_mpi -np&nbsp;4 -nice 4 -s 
${MOL}_pr -o ${MOL}_pr -c ${MOL}_b4md -v &gt;&amp; ! 
output.mdrun_pr</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>output:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>Fatal error: run input file cpeptide_pr.tpr 
was made for 4 nodes,</FONT></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while mdrun_mpi expected it to 
be for 1 nodes.</DIV>
<DIV>
<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>Fatal error: run input file cpeptide_pr.tpr 
was made for 4 nodes,</FONT></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while mdrun_mpi expected it to 
be for 1 nodes.</DIV>
<DIV>
<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>Fatal error: run input file cpeptide_pr.tpr 
was made for 4 nodes,</FONT></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while mdrun_mpi expected it to 
be for 1 nodes.</DIV>
<DIV>
<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>Fatal error: run input file cpeptide_pr.tpr 
was made for 4 nodes,</FONT></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while mdrun_mpi expected it to 
be for 1 nodes.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Even though grompp_d had the option -np 4. </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Does this mean that gromacs was not compiled/installed correctly? Any help 
would be greatly appreciated.</DIV>
<DIV>By the way, gromacs was compiled with MPICH, with --enable-shared.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Jee.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></DIV></DIV></DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>