<html>
<head>
</head>
<body>
Hi, David.<br>
<br>
<blockquote type="cite" cite="mid:1076822955.20123.1.camel@h25n2fls34o1123.telia.com">
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap=""><br>Next, I merged the rec.top and lig_vac.itp into one file, rec_lig.top, <br>as described in Anton's e-mail, dated December 1, 2003:<br>...<br></pre>
    </blockquote>
    <pre wrap=""><!---->why? is there a covalent bond between your ligand and protein? otherwise<br>this is not necessary at all. <br></pre>
    </blockquote>
I used 'renumtop' because when I just put an #include lig_vac.itp statement
after the #include ffG43b1 line in the top file (made by the pdb2gmx for
the protein), I got the warning from grompp that "the topology is not renumbered
from 1". I have never seen this message before, but I remembered Anton mentioning
'renumtop', so I thought that was somehow specific to ffG43a1/b1. <br>
    <blockquote type="cite" cite="mid:1076822955.20123.1.camel@h25n2fls34o1123.telia.com">
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">However, when I ran grompp with the new merged and renumbered top file, I got the following message:<br><br>Fatal error: Invalid bond type 0<br><br>I suspect I am missing something in my lig_vac.itp, but I am completely new to building ffG43a1/b1 ligand itp files "from scratch". <br></pre>
        </blockquote>
        <pre wrap=""><!---->Doesn't it say on which line in the topology things go wrong?<br><br>The simplest test for your topology is to minimize the ligand separately<br>of the protein, and in the process get rid of possible error in your<br>ligand top.</pre>
        </blockquote>
No, there is no line number in the error message.<br>
        <br>
My ligand resembles tryptophan a little bit, so I borrowed some ffG43a1 parameters
for Trp. I will try minimizing the ligand itself. But, is there anything
wrong with the format of my lig_vac.itp? 
        <blockquote type="cite" cite="mid:1076822955.20123.1.camel@h25n2fls34o1123.telia.com">
          <blockquote type="cite">
            <pre wrap=""><br><br><br>Best regards,<br>Martina Bertsch, Ph.D.<br><br> [ moleculetype ]<br> ;name nrexcl<br>DRG      3<br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  <br>typeB    chargeB     massB<br>    1m       CH3     285   DRG     CAO      1       0.000    15.035<br>    2m         C     285   DRG     CAM      1       0.380    12.011<br>    3m         O     285   DRG     OAN      1      -0.380   15.9994<br>    4m         N     285   DRG     NAL      2      -0.280   14.0067<br>    5m         H     285   DRG     HAB      2       0.280     1.008<br>    6m       CH2     285   DRG     CAK      3       0.000    14.027<br>    7m       CH2     285   DRG     CAJ      3       0.000    14.027<br>    8m         C     285   DRG     CAA      4      -0.140    12.011<br>    9m         C     285   DRG     CAC      4       0.000    12.011<br>   10m       CR1     285   DRG     CAF      5       0.000    13.019<br>   11m         C     285   
DRG     CAH      5       0.100    12.011<br>   12m        OA     285   DRG     OAP      6      -0.100   15.9994<br>   13m       CH3     285   DRG     CAQ      6       0.000    15.035<br>   14m       CR1     285   DRG     CAI      7       0.000    13.019<br>   15m       CR1     285   DRG     CAG      7       0.000    13.019<br>   16m         C     285   DRG     CAE      8       0.000    12.011<br>   17m        NR     285   DRG     NAD      8      -0.050   14.0067<br>   18m         H     285   DRG     HAA      8       0.190     1.008<br>   19m       CR1     285   DRG     CAB      8       0.000    13.019<br>[ bonds ]<br>  1m   2m    gb_26<br>  2m   3m    gb_4<br>  2m   4m    gb_9<br>  4m   5m    gb_2<br>  4m   6m    gb_20<br>  6m   7m    gb_26<br>  7m   8m    gb_14<br>  8m   19m    gb_9<br>  8m   9m    gb_9<br>  19m   17m    gb_9<br>  17m   18m    gb_2<br>  17m   16m    gb_9<br>  16m   9m    gb_15<br>  9m   10m    gb_15<br>  10m   11m    gb_15<br>  11m   14m    gb_15<br>  14m   
15m    gb_15<br>  15m   16m    gb_15<br>  11m   12m    gb_12<br>  12m   13m    gb_17<br> [ angles ]<br>;   ai    aj    ak  gromos type<br>  1m   2m   3m    ga_29<br>  1m   2m   4m    ga_18<br>  3m   2m   4m    ga_32<br>  2m   4m   5m    ga_31<br>  2m   4m   6m    ga_30<br>  5m   4m   6m    ga_17<br>  4m   6m   7m    ga_12<br>  6m   7m   8m    ga_14<br>  7m   8m   19m    ga_36<br>  8m   19m   17m    ga_6<br>  19m   17m   18m    ga_35<br>  19m   17m   16m    ga_6<br>  19m   8m   9m    ga_6<br>  8m   9m   16m    ga_6<br>  9m   16m   17m    ga_6<br>  17m   16m   15m    ga_38<br>  8m   9m   10m    ga_38<br>  16m   9m   10m    ga_26<br>  9m   10m   11m    ga_26<br>  10m   11m   14m    ga_26<br>  11m   14m   15m    ga_26<br>  14m   15m   16m    ga_26<br>  15m   16m   9m    ga_26<br>  10m   11m   12m    ga_18<br>  11m   12m   13m    ga_11<br>  14m   11m   12m    ga_18<br> [ impropers ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>  2m   1m   4m   3m    gi_1<br>  4m   2m   5m   6m    g
i_1<br>  8m   19m   9m   7m    gi_1<br>  9m   8m   16m   10m    gi_1<br>  11m   14m   12m   10m    gi_1<br>  16m   9m   15m   17m    gi_1<br>  17m   16m   18m   19m    gi_1<br>  8m   9m   16m   17m    gi_1<br>  9m   16m   17m   19m    gi_1<br>  16m   17m   19m   8m    gi_1<br>  17m   19m   8m   9m    gi_1<br>  19m   8m   9m   16m    gi_1<br>  9m   10m   11m   14m    gi_1<br>  10m   11m   14m   15m    gi_1<br>  11m   14m   15m   16m    gi_1<br>  14m   15m   16m   9m    gi_1<br>  15m   16m   9m   10m    gi_1<br>  16m   9m   10m   11m    gi_1<br> [ dihedrals ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>  1m   2m   4m   6m    gd_4<br>  7m   6m   4m   2m    gd_19<br>  8m   7m   6m   4m    gd_17<br>  19m   8m   7m   6m    gd_20<br>  10m   11m   12m   13m    gd_2<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="moz-txt-link-freetext" href
="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></pre>
            </blockquote>
            </blockquote>
            <br>
            </body>
            </html>