<html>

<head>

</head>

<body>

Thank you very much, Pedro. I was missing the "function" column in my lig.itp.

I enclosed the corrected itp for other users' reference.<br>

<br>

[ moleculetype ]<br>

&nbsp;;name nrexcl<br>

DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

[ atoms ]<br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; &nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; &nbsp;<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.380&nbsp;&nbsp; 15.9994<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.280&nbsp;&nbsp; 14.0067<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027<br>

etc.<br>

[ bonds ]<br>

; ai&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; fn &nbsp; gromos type<br>

&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>

&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4<br>

&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9<br>

etc.<br>

&nbsp;[ angles ]<br>

;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp; &nbsp; &nbsp; fn &nbsp; gromos type<br>

&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29<br>

&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18<br>

&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32<br>

&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>

&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<br>

&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17<br>

etc.<br>

&nbsp;[ dihedrals ] &nbsp;; &nbsp;improper<br>

; ai&nbsp; aj&nbsp; ak al&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; fn &nbsp;gromos type<br>

&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>

&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>

etc.<br>

&nbsp;[ dihedrals ] &nbsp;; &nbsp;proper<br>

; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; fn &nbsp;gromos type<br>

&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>

&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>

&nbsp; 19&nbsp; 8&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20<br>

etc.<br>

<br>

Best regards,<br>

Martina<br>

<br>

Pedro Alexandre Lapido Loureiro wrote:<br>

<blockquote type="cite" cite="mid:1077061286.4032a6a6641b0@webmail.biof.ufrj.br">

  <pre wrap="">Hi!<br><br>I think you forgot to write the "function" column in the [bonds], [angles],<br>[dihedrals] and [impropers] items. Its value is "2" (except for [dihedrals] - in<br>that case it`s "1"), but check the manual.<br><br>Regards.<br><br><br><br> <br></pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">[ moleculetype ]<br> ;name nrexcl<br>DRG      3<br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  <br>typeB    chargeB     massB<br>    1       CH3     285   DRG     CAO      1       0.000    15.035<br>    2         C     285   DRG     CAM      1       0.380    12.011<br>    3         O     285   DRG     OAN      1      -0.380   15.9994<br>    4         N     285   DRG     NAL      2      -0.280   14.0067<br>    5         H     285   DRG     HAB      2       0.280     1.008<br>    6       CH2     285   DRG     CAK      3       0.000    14.027<br>    7       CH2     285   DRG     CAJ      3       0.000    14.027<br>    8         C     285   DRG     CAA      4      -0.140    12.011<br>    9         C     285   DRG     CAC      4       0.000    12.011<br>   10       CR1     285   DRG     CAF      5       0.000    13.019<br>   11         C     285   DRG     CAH      5       0.100    12.011<br>   12        OA     285   DRG     O

AP      6      -0.100   15.9994<br>   13       CH3     285   DRG     CAQ      6       0.000    15.035<br>   14       CR1     285   DRG     CAI      7       0.000    13.019<br>   15       CR1     285   DRG     CAG      7       0.000    13.019<br>   16         C     285   DRG     CAE      8       0.000    12.011<br>   17        NR     285   DRG     NAD      8      -0.050   14.0067<br>   18         H     285   DRG     HAA      8       0.190     1.008<br>   19       CR1     285   DRG     CAB      8       0.000    13.019<br>[ bonds ]<br>  1   2    gb_26<br>  2   3    gb_4<br>  2   4    gb_9<br>  4   5    gb_2<br>  4   6    gb_20<br>  6   7    gb_26<br>  7   8    gb_14<br>  8   19    gb_9<br>  8   9    gb_9<br>  19   17    gb_9<br>  17   18    gb_2<br>  17   16    gb_9<br>  16   9    gb_15<br>  9   10    gb_15<br>  10   11    gb_15<br>  11   14    gb_15<br>  14   15    gb_15<br>  15   16    gb_15<br>  11   12    gb_12<br>  12   13    gb_17<br> [ angles ]<br>;   ai    aj    ak  grom

os type<br>  1   2   3    ga_29<br>  1   2   4    ga_18<br>  3   2   4    ga_32<br>  2   4   5    ga_31<br>  2   4   6    ga_30<br>  5   4   6    ga_17<br>  4   6   7    ga_12<br>  6   7   8    ga_14<br>  7   8   19    ga_36<br>  8   19   17    ga_6<br>  19   17   18    ga_35<br>  19   17   16    ga_6<br>  19   8   9    ga_6<br>  8   9   16    ga_6<br>  9   16   17    ga_6<br>  17   16   15    ga_38<br>  8   9   10    ga_38<br>  16   9   10    ga_26<br>  9   10   11    ga_26<br>  10   11   14    ga_26<br>  11   14   15    ga_26<br>  14   15   16    ga_26<br>  15   16   9    ga_26<br>  10   11   12    ga_18<br>  11   12   13    ga_11<br>  14   11   12    ga_18<br> [ impropers ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>  2   1   4   3    gi_1<br>  4   2   5   6    gi_1<br>  8   19   9   7    gi_1<br>  9   8   16   10    gi_1<br>  11   14   12   10    gi_1<br>  16   9   15   17    gi_1<br>  17   16   18   19    gi_1<br>  8   9   16   17    gi_1<br>  9   16   17   19    gi_1<b

r>  16   17   19   8    gi_1<br>  17   19   8   9    gi_1<br>  19   8   9   16    gi_1<br>  9   10   11   14    gi_1<br>  10   11   14   15    gi_1<br>  11   14   15   16    gi_1<br>  14   15   16   9    gi_1<br>  15   16   9   10    gi_1<br>  16   9   10   11    gi_1<br><br> [ dihedrals ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>  1   2   4   6    gd_4<br>  7   6   4   2    gd_19<br>  8   7   6   4    gd_17<br>  19   8   7   6    gd_20<br>  10   11   12   13    gd_2<br><br></pre>

    </blockquote>

    <pre wrap=""><!----><br><br>--<br>Pedro Alexandre Lapido Loureiro<br>Laborat&oacute;rio de F&iacute;sica Biol&oacute;gica<br>Instituto de Biof&iacute;sica<br>UFRJ<br>Brasil <br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br><br></pre>

    </blockquote>

    <br>

    </body>

    </html>