
<html>

Dear gmx-users,<br><br>

I am having trouble getting an mdrun to start successfully.&nbsp; My

system is a periodic box containing 20 polylactide 50-mers of the residue

form SL1-(SL2)n-SL3.&nbsp; Prior to an mdrun, I minimized the system with

cg to Epot = -5.1736e4 and Fmax = 0.979.&nbsp; My grompp command line for

the input to the mdrun includes the *.gro and the *.trr file from the

output of the final minimization.&nbsp; However, when I try an mdrun, the

system behaves as if there are very large forces present: I get LJ (SR)

values of 1e10, &quot;1-4 interactions at a distance greater than 1&quot;

warnings to screen and &quot;1-4 interaction not within cutoff&quot; in

the -debug file, the temperature and pressure increase to the order of

1e18, and everything goes &quot;nan&quot;.&nbsp; Also, it says

&quot;Large VCM (group rest):

-0.0000,<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>-0.0000,&nbsp; -0.0000.&nbsp;

How is (negative) zero large?<br><br>

I have tried changing several parameters to see if it would help, to no

avail.&nbsp; Here is a representative mdp file for the simulations after

I had turned off the T and P coupling.<br><br>

<font face="Courier New, Courier" size=2>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= <br>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= md<br>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 0.0005 ;ps<br>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 10000 ; <br>

nstcomm<x-tab>&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= +1<br>

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

nstfout<x-tab>&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5000<br>

;xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=

SL1<x-tab>&nbsp;</x-tab>SL2<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>SL3<br>

energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= SL1&nbsp; SL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SL3<br>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 5<br>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= grid<br>

pbc<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= xyz<br>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 1.0<br>

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= cut-off<br>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 1.0<br>

vdwtype<x-tab>&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= cut-off<br>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 1.0<br>

tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= no;berendsen<br>

tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= SL1&nbsp; SL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SL3<br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 0.1 0.1 0.1<br>

ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 300 300 300<br>

Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= no;berendsen<br>

pcoupltype<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= isotropic <br>

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 2.0<br>

compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =

4.5e-5<br>

ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 1.0<br>

gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= yes<br>

gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 50<br>

gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 173529<br>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= none<br><br>

</font>The box is a 20 nm cube, so the molecules aren't seeing their

duplicates.&nbsp; <br><br>

A few somewhat related topics that this question brought to

mind:<br><br>

1. I don't think I really need to couple or record separately for each

residue.&nbsp; How do I declare this in the mdp?&nbsp; With

&quot;system&quot;, &quot;Protein&quot;, or something else?<br><br>

2. Although the pdb file used to make the system includes 20 distinct

polymer chains, the *.top file lists only a single molecule

(Protein).&nbsp; Is this problematic?&nbsp; Pdb2gmx wouldn't run if I

didn't remove the MODEL-TER-ENDMDL lines from the pdb file.&nbsp; With

smaller systems, I can work around this with chain identifiers, but that

doesn't work so well when the size and number of polymers gets large, and

I would rather have a single *.top file than multiple *.itp

files.<br><br>

My apologies for the jumble of questions, and I look forward to any input

people might have.<br><br>

Thank you,<br><br>

Chris O'Brien<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

Department of Chemical Engineering<br>

Clemson University<br>

Clemson, SC&nbsp; 29634-0909<br>

</html>