<html><div style='background-color:'><DIV>
<DIV class=RTE>
<DIV>
<DIV class=RTE>Dear all</DIV>
<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
<DIV class=RTE>When i use gromacs in dynamics simulation,i get trouble with the huge .trr file which is 5G and unable to open.I have seen your mail&nbsp;in gromacs mail lists on how to solve this problem about huge .trr file.i have not understand it completly because i am a new user.so,there are three questions as follows i want to consult you:</DIV>
<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
<DIV class=RTE><STRONG>1/</STRONG> when runing mdrun,how can i&nbsp;keep water molecule&nbsp;out of the&nbsp;output file(such&nbsp;as.trr)&nbsp;&nbsp; in order to minmize the size of the outpur file</DIV>
<DIV class=RTE><STRONG>2/</STRONG> according to what you said in gromacs mail lists: "<STRONG>if you use the .xtc file format then you don't have to save to ..trr very often at all, only really the final step if you want to extend the simulation.&nbsp; This can be wasteful though, as if your simulation crashes somewhere then you have to start from the very start again and there can go a significant amount of CPU time.&nbsp; Personally I have mine save every about 6 hours real time and only keep the last .trr file so if the need arises I can continue the simulation.&nbsp; Everything else is saved and archived as .xtc"</STRONG></DIV>
<DIV>i do not understand what you said above.if &nbsp;you only use the .xtc file as output file,how&nbsp;did you&nbsp; save the position and velocities to .trr&nbsp;&nbsp;file? if you use both .trr and .xtc file as out files,how did you divide the .trr file every&nbsp; 6 hours&nbsp;when mdrun was running? terminated the mdrun&nbsp;,delete the .trr file every&nbsp; 6 hours or other method? This point&nbsp;confuse me most,please give me a detailed interpretation.&nbsp; thank you!!!&nbsp;</DIV>
<DIV><STRONG>3/ </STRONG>How to use trjconv remove all the atoms that are not of importance to&nbsp; see&nbsp;fromthetrajectory, such as&nbsp; water/SOL.i want to know which option trjconv command used can function.please give me a command line.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks in advance</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>XuDong Zhang<BR>center&nbsp;of&nbsp; Biology&nbsp;<BR>YunNan University<BR><A href="mailto:zhangxd@ynu.edu.cn">zhangxd@ynu.edu.cn</A></DIV>
<DIV><A href="mailto:zxdcs@hotmail.com">zxdcs@hotmail.com</A><BR>(86) 871 5035727<BR><BR><BR>&nbsp; </DIV>
<DIV class=RTE>&nbsp;&nbsp; </DIV></DIV></DIV></DIV></div><br clear=all><hr>使用世界上最大的电子邮件系统—   <a href="http://g.msn.com/8HMBCNCN/2749??PS=">MSN Hotmail </a> Get 2 months FREE*. </html>