<html>

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">


<meta name=Generator content="Microsoft Word 10 (filtered)">

<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        font-size:10.5pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {margin-right:0cm;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:SimSun;}
span.EmailStyle17
        {font-family:Arial;
        color:windowtext;}
 /* Page Definitions */
 @page Section1
        {size:595.3pt 841.9pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;
        layout-grid:15.6pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=ZH-CN link=blue vlink=purple style='text-justify-trim:punctuation'>

<div class=Section1 style='layout-grid:15.6pt'>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Dear gromacs users,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>I am a beginner for gromacs. Now I try to simulate a
stretching behavior of a simple alpha-helix in aqueous solvent. In this system,
the helix consists of 123 atoms, and SOL molecule is 4281. I adopted afm mode
in *.ppa file. During the simulation, the helix structure is just stretched into
a ribbon structure. So the expected shift of potential energy of system is
about several hundreds kJmol-1, but in the obtained figure (potential energy
vs. time), the fluctuation is huge and even overwhelms the expected shift.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>I think this huge fluctuation can be due to the existence
of a lot of SOL molecules. Then the disturbance of system, e.g. thermal, can
cause a big accumulated fluctuation. </span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>About this problem, can I reduce it using some possible
ways? Or is it inevitable?</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Thanks for any help and advice.</span></font></p>

<p><font size=2 face=&#23435;&#20307;><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'>Best
regards,</span></font></p>

<p><font size=2 face=&#23435;&#20307;><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'>Lixian,
Zhang</span></font></p>

<p><font size=2 face=&#23435;&#20307;><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'>Max
Planck Institute for Metals Research<br>
Heisenbergstr. 3<br>
D-70569 </span></font><font size=2><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'>Stuttgart</span></font><font
size=2><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'><br>
</span></font><font size=2><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'>Germany</span></font><font
size=2><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt'><br>
Tel: +49 (0) 711 689 3578<br>
Email:<a href="mailto:lixian.zhang@mf.mpg.de">lixian.zhang@mf.mpg.de</a> </span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Times New Roman"><span lang=EN-US>&nbsp;</span></font></p>

</div>

</body>

</html>