<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><SPAN class=635353306-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>I'm 
not sure what gromacs does to calc Cv. I get a different reult as 
well.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=635353306-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=635353306-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>Ilya</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=635353306-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> gmx-users-admin@gromacs.org 
  [mailto:gmx-users-admin@gromacs.org]<B>On Behalf Of </B>Jia-Lin 
  Lo<BR><B>Sent:</B> Tuesday, March 16, 2004 9:53 PM<BR><B>To:</B> 
  gmx-users@gromacs.org<BR><B>Subject:</B> Re: [gmx-users] Calculate heat 
  capacity<BR><BR></FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>Hi,</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I use your algorithm to test.&nbsp; 
  The value is much different from </FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>g_energy's result.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Your algorithm: 
  ~10^5(KJ/mole * K)</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; g_energy : ~ 10( J/mole 
  * K)</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>I take a look&nbsp; about&nbsp;gmx&nbsp;&nbsp;source 
  code.&nbsp;There is one paraghaph about</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>heat capacity.&nbsp;</FONT></DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT size=2>VarT = RMSD(T) * RMSD(T),&nbsp; kb = 8.31451</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>factor = nmol*ndf*VarT/(3.0*Temp*Temp)</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>nmol = 1, ndf = 3</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2>Cv = kb / (2/3 - factor)</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT size=2>It seems has no relationship with energy.&nbsp; I am 
  confused.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT size=2>Jia-lin </FONT></DIV>
  <DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <BLOCKQUOTE dir=ltr 
  style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
    <DIV style="FONT: 10pt 新細明體">----- Original Message ----- </DIV>
    <DIV 
    style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt 新細明體; font-color: black"><B>From:</B> 
    <A title=ichorny@maxwell.compbio.ucsf.edu 
    href="mailto:ichorny@maxwell.compbio.ucsf.edu">Ilya Chorny</A> </DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt 新細明體"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
    href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt 新細明體"><B>Sent:</B> Wednesday, March 17, 2004 12:00 
    PM</DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt 新細明體"><B>Subject:</B> RE: [gmx-users] Calculate heat 
    capacity</DIV>
    <DIV><BR></DIV>
    <DIV><SPAN class=514142803-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
    size=2>The heat capacity is proportional to&nbsp;the second moment 
    (variance)&nbsp;of the energy.</FONT></SPAN></DIV>
    <DIV><SPAN class=514142803-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
    size=2>&lt;sigma(E)^2&gt; = k*T^2*Cv </FONT></SPAN></DIV>
    <DIV><SPAN class=514142803-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
    size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
    <DIV><SPAN class=514142803-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
    size=2>Ilya</FONT></SPAN></DIV>
    <DIV><SPAN class=514142803-17032004><FONT face=Arial color=#0000ff 
    size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
    <BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
      <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
      size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> <A 
      href="mailto:gmx-users-admin@gromacs.org">gmx-users-admin@gromacs.org</A> 
      [mailto:gmx-users-admin@gromacs.org]<B>On Behalf Of </B>Jia-Lin 
      Lo<BR><B>Sent:</B> Tuesday, March 16, 2004 6:59 PM<BR><B>To:</B> <A 
      href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><B>Subject:</B> 
      [gmx-users] Calculate heat capacity<BR><BR></FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>Hi, </FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am doing a simple simulation 
      ( protein in water). When I use </FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>g_energy to monitor the&nbsp; energy change, there are 
      several statistical values</FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>printed on screen. I notice the last line is the heat 
      capacity value. I would</FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>like to know how does it to be calculated?&nbsp; Is 
      there any formula for it ?</FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>I want to write a program to calculate it by 
      myself.&nbsp; </FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2>Thanks for your help in advance.</FONT></DIV>
      <DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
      <DIV><FONT size=2>Jialin 
LO</FONT></DIV></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>