<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<BLOCKQUOTE id=0><LABEL id=HbSession SessionId="1341237439"></LABEL>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Dear gmx users:</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>I am really stuck in my project. I am modeling a 
  carbon nanotube - protein system and I can not figure out how to set the 
  topology files for the CNT (carbon nanotube). All I have is a PDB like file 
  for the CNT and for the protein.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>By reading past messages on the GMX discussion 
  list it seems that I have to include some extra information in the ffgmx.* 
  files, particularly&nbsp;the ffgmx.n2t file but in order to do this I need to 
  know the meaning of the fields of this file which I copy below.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>I will appreciate very much if anyone can shine 
  some light into my darkness.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Much obliged,</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>ffgmx.n2t:</FONT></DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>O&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 
  &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;; CARBONYL 
  OXYGEN (C=O)<BR>O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OM&nbsp; &nbsp; 
  1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;; CARBOXYL 
  OXYGEN (CO-)<BR>O&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;; HYDROXYL 
  OXYGEN (OH)<BR>O&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;; WATER OXYGEN<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;; PEPTIDE NITROGEN (N OR NH)<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  NT&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; TERMINAL NITROGEN (NH2)<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; TERMINAL NITROGEN 
  (NH3)<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR5&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; AROMATIC N (5-RING,2 BONDS)<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR5*&nbsp; 
  3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; AROMATIC N (5-RING,3 BONDS)<BR>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  NP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 
  PORPHYRIN NITROGEN<BR>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; BARE CARBON (PEPTIDE,C=O,C-N)<BR>; Note that order is importante here 
  because of wildcards.<BR>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ALIPHATIC CH3 
  GROUP<BR>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 
  ALIPHATIC CH2 GROUP<BR>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; &nbsp; 
  4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ALIPHATIC CH 
  GROUP<BR>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp; &nbsp;&nbsp; 
  3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; BARE CARBON (5-,6-RING)<BR>H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;; HYDROGEN BONDED TO NITROGEN<BR>H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;; HYDROXYL HYDROGEN<BR>H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;; WATER HYDROGEN<BR>H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HS&nbsp; &nbsp;&nbsp; 
  1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  ; HYDROGEN BONDED TO SULFUR <BR>H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp; 
  &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; 
  HYDROGEN BONDED TO CARBON<BR></FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>______________________________________<BR>Dr. 
  Ramón Garduño-Juárez<BR>Centro de Ciencias Físicas, UNAM<BR>México<BR>Phone 
  (777)3291749, (55)56227749<BR>FAX (777)3291775, 
(55)56227775</FONT></DIV></BLOCKQUOTE>
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