<DIV>Dear Groamcs users,<BR><BR>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I am currently using Gromacs tutorial from Dr. Kerrigan’s lab in Linux Red Hat 8.0. I selected Gromacs Force field. My system has a nonzero total charge(+2.0). Using genion command, I added two Cl to the system, and then corrected the fws.top. A line( #include “ions.itp”) was added and [molecules] section was also edited ( see below). The energy minimization was finished smoothly. At this point, I started position-restrained MD. After I modified the temperature coupling scheme for my pr.mdp file (see below), the grompp generated fws_pr.tpr file without any problems. But mdrun resulted in a fatal error: “Can not read/write topologies to file type unknown”. I don’t understand why this error occurred.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I hope somebody can tell me how to fix it.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">; Include forcefield parameters<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">#include "ffgmx.itp"<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>#include “ions.itp”</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">[ molecules ]<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">; Compound<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>#mols<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Protein<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">SOL<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>3125</FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Cl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">; Berendsen temperature coupling is on in three groups<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Tcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>berendsen</FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">tau_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">tc-grps<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Protein<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>SOL<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Cl<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">ref_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>300<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>300<o:p></o:p></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I would really appreciated any help.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Sincerely,</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Xiaobing</FONT></P></DIV><BR><BR>Xiaobing Tian  Ph.D.<br>Department of Microbiology and Immunology<br>Thomas Jefferson University<br>1025 Walnut St., Suite 420<br>Philadelphia,  PA19107<br>Phone: 215-955-1364 (Lab)<p><font face=arial size=-1>Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/mailtag_us/*http://mail.yahoo.com" target="_blank"><b>Yahoo! Mail</a></b> - More reliable, more storage, less spam