<DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Dear Gromacs users,</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I made a position-restrained MD simulation with protein 1AZ8. The simulation terminated prematurely due to a bunch of Lincs Warnings ( started about from the steps 5000). </FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>When I prepared the protein PDB file, I deleted the drug that bound to it and water molecules. I have kept the CONNETCTIONs for disulfide bonds on the PDB file. The six disulfide bonds of the protein were correctly displayed on Rasmol, PDB viewer and AutoDock Tool. But when I used VMD to check the file, the four disulfide bridges among the six were missing in the PDB file. I was able to produce .top and .gro files with pdb2gmx (v. 3.2.1), using Gromacs force field, and go on the MD simulation till the Lincs Warnigs occurred.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I have checked the .gro file produced from pdb2gmx and other .gro files by VMD, all of them showed several abnormal and wrong bonds or atom groups formed between those disulfide atoms. Is this the cause that resulted in Lincs Warnings and premature termination of MD? How to fix this problems?</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Thank you very much in advance.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Xiaobing Tian</FONT></P></DIV></DIV><BR><BR>Xiaobing Tian  Ph.D.<br>Department of Microbiology and Immunology<br>Thomas Jefferson University<br>1025 Walnut St., Suite 420<br>Philadelphia,  PA19107<br>Phone: 215-955-1364 (Lab)<p><hr size=1><font face=arial size=-1>Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://taxes.yahoo.com/filing.html"><b>Yahoo! Finance Tax Center</a></b> - File online. File on time.