<P>
dea all,<BR>
I am using gromacs-3.2.1 for simulating a protein.I used the em.mdp file given there.when i tried to energy minimize the protien it gives the following error<BR>
<BR>
Stepsize too small, or no change in energy.<BR>
Converged to machine precision,<BR>
but not to the requested precision Fmax &lt; 2000<BR>
<BR>
Double precision normally gives you higher accuracy.<BR>
You might need to increase your constraint accuracy, or turn<BR>
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)<BR>
<BR>
writing lowest energy coordinates.<BR>
<BR>
Steepest Descents converged to machine precision in 53 steps,<BR>
but did not reach the requested Fmax &lt; 2000.<BR>
Potential Energy&nbsp; = -3.1566375e+05<BR>
Maximum force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 2.8458027e+03 on atom 1650<BR>
Norm of force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.7127547e+05<BR>
 <BR>
<BR>
This is the input file i gave, <BR>
**********************************************************************************<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; User spoel (236)<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Input file<BR>
;<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; /lib/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; none<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1000<BR>
;<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Energy minimizing stuff<BR>
;<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 2000<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>
<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
********************************************* <BR>
Is this wrong,has the protein not energy minimized sufficiently.please tell what should be done? <BR>
cheers<BR>
smith <BR>

</P>


<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0 HEIGHT=74 WIDTH=496></a>