<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1170" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Your potential energy seems good, so my guess is 
that minimization went just fine.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>That error you are receiving iis just an warnig. No 
problem at all.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Regards,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Nuno</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>######################################<BR>Nuno Ricardo Santos Loureiro da 
Silva Ferreira<BR>Departamento de Química<BR>Faculdade de Ciências e 
Tecnologia<BR>Universidade de Coimbra<BR>3004-535 Coimbra - Portugal<BR>Fax: 
+351 239 827703&nbsp; - <A 
href="http://www.biolchem.qui.uc.pt">www.biolchem.qui.uc.pt</A><BR>########################################</DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=gold_smith@rediffmail.com 
  href="mailto:gold_smith@rediffmail.com">gold gunaseelan</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=spoel@xray.bmc.uu.se 
  href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</A> ; <A 
  title=spoel@gromacs.org href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Cc:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Monday, April 05, 2004 12:11 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [gmx-users] minimization</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <P>dear sir ,<BR>Iam using gromacs 3.2.1<BR>I changed the following in 
  em.mdp&nbsp; file as<BR><BR>define = -DFLEXIBLE and ran energy minimisation 
  but it converged as <BR><BR>Stepsize too small, or no change in 
  energy.<BR>Converged to machine precision,<BR>but not to the requested 
  precision Fmax &lt; 2000<BR><BR>Double precision normally gives you higher 
  accuracy.<BR><BR>writing lowest energy coordinates.<BR><BR>Steepest Descents 
  converged to machine precision in 202 steps,<BR>but did not reach the 
  requested Fmax &lt; 2000.<BR>Potential Energy&nbsp; = 
  -4.0429609e+05<BR>Maximum force&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 4.6900386e+03 on atom 
  1650<BR>Norm of force&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.4885711e+04<BR><BR>Previously i 
  had given define =-DFLEX_SPC it gave the same error but it converged in 57 
  steps.I looked in one of ur old reply,in which u have asked to see toplogy 
  file <BR><BR>&gt; ; Include water topology<BR>&gt; #ifdef FLEX_SPC<BR>&gt; 
  #include "flexspc.itp"<BR>&gt; #else<BR>&gt; #include "spc.itp"<BR>&gt; 
  #endif<BR>&gt; <BR>&gt; then you can try with this file:<BR>&gt; <BR>&gt; 
  <BR>&gt; title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 
  &nbsp; = xxxx<BR>&gt; cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 
  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /lib/cpp<BR>&gt; include&nbsp; &nbsp; &nbsp; 
  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -I../top<BR>&gt; define&nbsp; 
  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -DFLEX_SPC<BR><BR>I 
  would like to point out that tis has been changed a bit in 3.2<BR>If you use 
  spc water this still will work, but for other models the more<BR>generic way 
  of writing is:<BR><BR>#include "water.itp" (either tip3p, tip4p, spc, 
  spce)<BR><BR>define = -DFLEXIBLE<BR><BR>But i didnot find this in top 
  file<BR><BR>; Include water topology<BR>#include "spc.itp"<BR><BR>#ifdef 
  POSRES_WATER<BR>I found these terms missing as specified by u above.<BR>sir 
  please suggest whats wrong .is protein minimized properly.thanks in advance 
  -gsmith </P><BR><BR><A 
  href="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp" target=_blank><IMG 
  hspace=0 
  src="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" 
  border=0></A> </BLOCKQUOTE></BODY></HTML>