<P>
dear sir ,<BR>
Iam using gromacs 3.2.1<BR>
I changed the following in em.mdp&nbsp; file as<BR>
 <BR>
 define = -DFLEXIBLE and ran energy minimisation but it converged as <BR>
<BR>
Stepsize too small, or no change in energy.<BR>
Converged to machine precision,<BR>
but not to the requested precision Fmax &lt; 2000<BR>
<BR>
Double precision normally gives you higher accuracy.<BR>
<BR>
writing lowest energy coordinates.<BR>
<BR>
Steepest Descents converged to machine precision in 202 steps,<BR>
but did not reach the requested Fmax &lt; 2000.<BR>
Potential Energy&nbsp; = -4.0429609e+05<BR>
Maximum force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.6900386e+03 on atom 1650<BR>
Norm of force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.4885711e+04<BR>
<BR>
Previously i had given define =-DFLEX_SPC it gave the same error but it converged in 57 steps.I looked in one of ur old reply,in which u have asked to see toplogy file <BR>
 <BR>
&gt; ; Include water topology<BR>
&gt; #ifdef FLEX_SPC<BR>
&gt; #include &quot;flexspc.itp&quot;<BR>
&gt; #else<BR>
&gt; #include &quot;spc.itp&quot;<BR>
&gt; #endif<BR>
&gt; <BR>
&gt; then you can try with this file:<BR>
&gt; <BR>
&gt; <BR>
&gt; title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xxxx<BR>
&gt; cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /lib/cpp<BR>
&gt; include&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -I../top<BR>
&gt; define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = -DFLEX_SPC<BR>
<BR>
I would like to point out that tis has been changed a bit in 3.2<BR>
If you use spc water this still will work, but for other models the more<BR>
generic way of writing is:<BR>
<BR>
#include &quot;water.itp&quot; (either tip3p, tip4p, spc, spce)<BR>
<BR>
define = -DFLEXIBLE<BR>
<BR>
But i didnot find this in top file<BR>
<BR>
; Include water topology<BR>
#include &quot;spc.itp&quot;<BR>
<BR>
#ifdef POSRES_WATER<BR>
I found these terms missing as specified by u above.<BR>
sir please suggest whats wrong .is protein minimized properly.thanks in advance -gsmith
</P>


<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>