<P>
respected sir,<BR>
1.thanks the em went well with define= DFLEXIBLE.<BR>
<BR>
2.sir i completed sucessfully md for 2 ns for a protein .Iam using gromacs 3.2.1.I wanted to continue the simulation for more 2ns,so I used&nbsp; the option <BR>
tpbconv -s 2ns.tpr -f 2ns.trr -o next2ns.tpr -extend 2000, and wanted to use this next2ns.tpr further .But it did create new tpr file ,in my case next2ns.tpr But gives a warning message<BR>
WARNING: The simulation uses pressure and/or temperature coupling,<BR>
the continuation will only be exact when an energy file is supplied.<BR>
<BR>
I gave the energy fine *.edr and tried <BR>
tpbconv -s -f&nbsp; -e 2ns.edr -o .tpr -extend 2000.now it didnot create<BR>
a tpr file and gives error message as<BR>
Fatal error: Could not find energy term named 'Pcoupl-Mu-XX'<BR>
 <BR>
How should i continue the simulation,when such warning comes.where am i going wrong?.I followed the steps as given in ur web (getting started) and used full.mdp file of gromacs.<BR>
<BR>
Please suggest help! -smith
</P>


<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>