<P>
dear users,<BR>
I ran a simulation on a protein using gromacs 3.2.1.I ran it sucessfully for 2.5ns.then i extended it for further 2.5ns using tpbconv -f run1.trr -s run1.tpr -e run1.edr -o run1resart.tpr -extend 2500.<BR>
using run1resart.tpr I ran the md again .It ran fine for 3940ps ,then it terminated stating this error in the log file<BR>
**********************************************<BR>
Step 1970467, time 3940.93 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>
relative constraint deviation after LINCS:<BR>
max 0.000797 (between atoms 308 and 309) rms 0.000033<BR>
bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>
atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>
&nbsp; &nbsp; 308&nbsp; &nbsp; 311&nbsp; 30.8&nbsp; &nbsp; 0.1000&nbsp; 0.1000&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1000<BR>
<BR>
Step 1970468, time 3940.94 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>
relative constraint deviation after LINCS:<BR>
max 0.001116 (between atoms 308 and 310) rms 0.000034<BR>
bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>
t = 3947.630 ps: Water molecule starting at atom 20960 can not be settled.<BR>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>
Large VCM(group rest):&nbsp; 31222.23828,&nbsp; 2411.13110,&nbsp; 2129.13721, ekin-cm:&nbsp; 7.45159e+13<BR>
<BR>
Step 1973816&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 2.82236e+13 2.82236e+13 2.82236e+13<BR>
******************************************************<BR>
this is my full.mdp file<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; enzyme<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; &nbsp;  ; ps !<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1250000&nbsp; &nbsp;  ; total 2.5 ns.<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 5000<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 5000<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 5000<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 250<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.8<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; cut-off<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.4<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.8<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; xyz<BR>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; &nbsp;  SOL<BR>
tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp;  0.1<BR>
ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300&nbsp; &nbsp;  300<BR>
; Energy monitoring<BR>
energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>
; Isotropic pressure coupling is now on<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.5<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>
ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; yes<BR>
gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300.0<BR>
gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR>
*****************************************************<BR>
I would appreciate any help regarding this ,suggestions or how to rectify.thanks in advance-smith1<BR>
&nbsp; <BR>
<BR>
<BR>

</P>


<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>