<P>
dear gromacs users ,<BR>
Iam a very new user to gromacs.I use gromacs-3.2.1.I followed the exact steps given in getting started.html for speptide.I have completed simulation of a protein for 2ns.I want to continue(extend) the simulation for another 3ns and change tautp =1.0 in the mdp file now.From archive mails i learned that tpbconv should be used as,<BR>
I got these outputs from first 2ns run run1.gro, run1.trr,run1.edr.but <BR>
<BR>
Iam confused which .tpr file i should use?<BR>
<BR>
1.Can I use the .tpr (created using grompp with&nbsp; afterminim.gro) for mdrun (first 2ns) or should i use run1.gro file of just finished output of mdrun for 2ns for grompp ,change timesteps,other options ,create a new.tpr and then use this .tpr for tpbconv as ,<BR>
<BR>
*tpbconv -f run1.trr -s new.tpr -e run1.edr -o restart.tpr -extend 3000<BR>
*mdrun -v -s restart.tpr -o -e <BR>
 <BR>
Iam confused to which tpr should i use.please anyone tell whats exact&nbsp;  protocol.thanks -smith&nbsp; 
</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>