<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
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<br>Hi all,
<p>I want to energy minimize a structure (two proteins + 4 ligands) in
a water box (dodecahedron). The total charge is not 0. what should I do
better:
<br>- add the ions I need to avoid this charge.
<br>- add negative ions to compensate the positive charges (Asn, Gln in
the protein and positive charges in the ligands) and positive ions to compensate
negative charges (Glu, Asp in the protein and ligands), so the total charge
will be 0.
<p>Thanks in advance,
<br>Cheers,
<pre>Ruben</pre>
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