<P>
Dear users,<BR>
<BR>
1.Like in amber ,can&nbsp; a average structure be obtained from the trajectories generated using gromacs for a protein run for ns.<BR>
<BR>
2.using g_cluster can we set the rmsd cutoff and also how are clusters obtained in gromacs?.I get 63 clusters,which i think its strange.how to interpret the result given by g_cluster?<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
thanks in advance-smith&nbsp; <BR>

</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>