
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">

<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<P>Dear all:</P>

<P>This problem is related to the simulation of sugar (carbohydrate). When 

executing "pdb2gmx" command, the fatal error as ""Atom O in residue AGC 1 not 

found in rtp entry with 14 atoms while sorting atoms." happened.</P>

<P>My&nbsp;'pdb' file is downloaded from website, and I myself defined the 

corresponding rtp part in the 'ffgmx.rtp' file. Both of them are just as the 

follows:</P>

<P>=================***.pdb================================</P>

<P>(Assuming this whole structure contains only one AGC residue)</P>

<P>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.803&nbsp; 

-0.843&nbsp;&nbsp; 0.163&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C1 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C2&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.161&nbsp; 

-0.633&nbsp;&nbsp; 1.531&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C2 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C3&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.346&nbsp; 

-0.827&nbsp;&nbsp; 1.489&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C3 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C4&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.954&nbsp; 

-0.008&nbsp;&nbsp; 0.373&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C4 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C5&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.250&nbsp; 

-0.325&nbsp; -0.946&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C5 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C6&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.755&nbsp;&nbsp; 

0.452&nbsp; -2.142&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp; C6 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; O2&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.739&nbsp; 

-1.554&nbsp;&nbsp; 2.447&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00 OH2 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; O3&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.898&nbsp; 

-0.399&nbsp;&nbsp; 2.740&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00 OH3 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; O5&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.141&nbsp;&nbsp; 0.002&nbsp; -0.787&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00 O10 

<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;O6&nbsp; AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.625&nbsp;&nbsp; 1.853&nbsp; -1.957&nbsp; 

0.00&nbsp; 0.00 OH6 <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;O1&nbsp; 

AGC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.763&nbsp; 

-2.177&nbsp; -0.328&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00 OH1 </P>

<P>==========================================================</P>

<P>#############residue topology parameter(within 

ffgmx.rtp)###################</P>

<P>[ AGC 

]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</P>

<P>&nbsp;[ atoms ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; CS1&nbsp;&nbsp; 

0.400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

OA&nbsp; -0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

O5&nbsp;&nbsp;&nbsp; OS&nbsp; -0.360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp; CS1&nbsp;&nbsp; 

0.160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; 

CS2&nbsp;&nbsp; 0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

O6&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; -0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H6&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp; 

0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; 

CS1&nbsp;&nbsp; 0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; -0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp; 

0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; 

CS1&nbsp;&nbsp; 0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; -0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp; 

0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp; 

CS1&nbsp;&nbsp; 0.160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5</P>

<P>&nbsp;[ bonds ]<BR>...</P>

<P>...</P>

<P>...</P>

<P>#################################################################</P>

<P>In the rtp file, three hydrogens H2, H3, H6 are added, which are all the 

hydrogens in the "-OH". And, the "aminoacid.dat" &amp;&nbsp;"ffgmx.hdb" 

files&nbsp;are&nbsp;also being modified.</P>

<P>I have tried lots of ways, however, this problem can not yet be solved. </P>

<P>Waiting for your precious suggestion!</P>

<P>Thanks in advance!</P>

<P>&nbsp;</P>

<P>&nbsp;</P>

<P>Xie YH</P>

<P>HongKong University</P>

<P>&nbsp;</P>

<P>&nbsp;</P>

<P>&nbsp;</P></BODY></HTML>