<html>
Nicolas,<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>So I am quite surprised by my
results, could someone clarify my situation?<br>
How can I prevent cluster from forming?</blockquote><br>
You are aiming to get pure liquid benzene, right?&nbsp; In the second
case, what was your density?&nbsp; By clustering, it sounds like that you
have some areas of the box with no molecules, i.e. it is a vacuum.&nbsp;
Running the simulation for longer with the pressure coupling will
eventually eliminate that.<br><br>
In setting things up for something like this, I distribute my molecules
in a box that is about twice the volume it is meant to be.&nbsp;
Distribute them throughout the box, then scale the box dimensions using
editconf, then run the EM etc.<br><br>
Also, what are you using to distribute the molecules throughout the
box?&nbsp; Not sure how it is with the current versions, but I use to use
genbox but it would generate way too many clashes/overlaps between
molecules and atoms to be of much use at all.&nbsp; Now I use a program
that someone here wrote that does a far better job of random
distribution.<br><br>
Catch ya,<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
<b>Dr. Dallas Warren<br>
</b><i>Research Fellow<br>
</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>
Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>
</u></font>+61 3 9903 9083<br>
<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>
<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to
resemble a nail.</font></i></html>