<html>
<br>
<br>
<br>
<head>
<meta content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body>
<font face="Times New Roman" size=3> Dear David, </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; On Thu, 2004-05-27 at 09:46, B. Nick wrote: </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Dear gromacs users, </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; I want to rerun a previous job that executed on a </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; different cluster without any problem. But every time </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; the job crashes after few minutes with the following </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; error messages. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; (Other people simulating different system say that </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; the have no problems.) </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; Can you be more specific? Is this the same job that ran on four </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; processors before? Or is it a mdrun -rerun? </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; It is a job of a series of jobs with identical input files </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; but different structures (always 16 chains of 500 units, which </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; results in a box of about 6 nm edge length) and the input file worked </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; on the other cluster for 1, 4 and 6 nodes. In order to test the </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; speed of my new account, I wanted to run it again. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; It just took the old structures and input file and rerun </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; grompp -np 4 on the new cluster. After submission of the job I </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; always get the error message. I have also attached the input </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; file. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>could you try with pbc = full in the mdp file? </font><br>
<br>
<font face="Times New Roman" size=3>If I try this I get the error message from grompp</font><br>
<br>
<font face="Courier New" size=2>creating statusfile for 4 nodes...</font><br>
<font face="Courier New" size=2>ERROR: invalid enum 'full' for variable pbc, using 'xyz'</font><br>
<font face="Courier New" size=2>Next time use one of: 'xyz' 'no'</font><br>
<br>
<font face="Times New Roman" size=3>I'am using version 3.1.4 as in case of the first runs.</font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>But also in the manual of version 3.2 I do not find the option pbc = full.</font><br>
<br>
<font face="Times New Roman" size=3>So the problem is still unsolved.</font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>Any further suggestion ?</font><br>
<br>
<font face="Times New Roman" size=3>Thanks again. </font><br>
<br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Back Off! I just backed up traj.xtc to ./#traj.xtc.1# </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error: ci = 2280 should be in 0 .. 2196 [FILE nsgrid.c, LINE 210] </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Error on node 1, will try to stop all the nodes </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error: ci = 2280 should be in 0 .. 2196 [FILE nsgrid.c, LINE 210] </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Error on node 2, will try to stop all the nodes </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error: ci = 2280 should be in 0 .. 2196 [FILE nsgrid.c, LINE 210] </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Error on node 3, will try to stop all the nodes </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error, aborting. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error, aborting. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Fatal error, aborting. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; Job sge.628260 on sunc12.rz.RWTH-Aachen.DE: received signal ABRT. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------------ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; | Execution of Batch-Request stopped at Thu May 27 00:40:58 MEST 2004 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; | peak memory value: 13.72M </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; | real time used: 00:18:17 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------------ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; MD Input File </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; B. Nick, 20.10.03 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; title = Triclinic cell at 200 K </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; cpp = /lib/cpp </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Run control *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; integrator = md </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; tinit = 0 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; dt = 0.0005 ; in ps </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nsteps = 4000000 ; total 1.0 ns. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstcomm = 1 ; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Output control *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstxout = 0 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstvout = 0 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstfout = 0 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstlog = 5000 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstenergy = 100 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstxtcout = 5000 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Neighbor searching *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; nstlist = 10 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ns_type = grid </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; pbc = xyz </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; rlist = 0.8 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Electrostatics and VdW </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; coulombtype = Shift </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; rcoulomb_switch = 0.8 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; rcoulomb = 0.9 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; epsilon_r = 1.0 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; vdwtype = Shift </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; rvdw_switch = 0.8 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; rvdw = 0.9 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; DispCorr = EnerPres </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Temperature coupling *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; tcoupl = Nose-Hoover </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; tc-grps = System </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; tau_t = 0.1 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ref_t = 200 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Pressure coupling *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; Pcoupl = Parrinello-Rahman </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; Pcoupltype = anisotropic </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; tau_p = 0.1 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; compressibility = 4e-5 4e-5 4e-5 4e-5 4e-5 4e-5 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ref_p = 1 1 1 1 1 1 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Velocity gerneration *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; gen_vel = no </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** Bonds *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; constraints = all-bonds </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; constraint_algorithm = lincs </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; unconstrained_start = no </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; lincs_order = 4 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; morse = no </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ; *** User defined thingies *** </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; ---------- </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; Thank you very much, </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; Gitta </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; David. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; ________________________________________________________________________ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group, </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; phone: +46 18 471 4205 fax: +46 18 511 755 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3>&gt; &gt; spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org </font><font face="Times New Roman" size=3 color=#0000FF><u>&lt;http://xray.bmc.uu.se/&gt;</u></font><font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>~spoel </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; ------------------------------ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; _______________________________________________ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; gmx-users mailing list </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; gmx-users@gromacs.org </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><font face="Times New Roman" size=3 color=#0000FF><u>&lt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;</u></font><font face="Times New Roman" size=3 color=#000000> </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>&gt; &gt; </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>-- </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>David. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>________________________________________________________________________ </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group, </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University. </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>Husargatan 3, Box 596, 75124 Uppsala, Sweden </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>phone: +46 18 471 4205 fax: +46 18 511 755 </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org </font><font face="Times New Roman" size=3 color=#0000FF><u>&lt;http://xray.bmc.uu.se/&gt;</u></font><font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>~spoel </font><br>
<font face="Times New Roman" size=3 color=#000000>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ </font><br>
<br>
<br>
<br>
<br>

</body>
</html>