<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<P>Dear David:</P>
<P>What I simulated is sugar system, which has no termini. And, the 
corresponding residue topology is [GLCA] (alpha-glucose).</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>I also know what you mean, but according to the definition of [GLCA], maybe I 
could not make the total charge in the system be zero.</P>
<P>Or, other factors are not being considered? What is 
your&nbsp;suggestion&nbsp;to this case?</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Thanks very much!</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>On Sat, 2004-06-05 at 08:13, Yinghong wrote:<BR>&gt;<I> Hi, dear 
all:<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> I have a system which have non-zero charges, 
normally, we need to add<BR></I>&gt;<I> counterions (Na or Cl) to neutralize the 
whole system.<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I>&nbsp; <BR></I>&gt;<I> 
<BR></I>&gt;<I> However, in my system, when I run "grompp", non-integral charges 
(e.g.</I>&gt;<I> 1.50e+00) are detected, so under this case, my system 
<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> could not keep neutral even if corresponding 
ions are added.<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I>&nbsp; <BR></I><BR>then you have a 
topology problem in your protein.<BR><BR>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> What should I 
do with this kind of problem?<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> Thanks a 
lot!<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I>&nbsp; <BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> 
Regards<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> Yinghong<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> 
Hongkong University<BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> <BR></I>&gt;<I> 
<BR></I>&gt;<I> 
______________________________________________________________________<BR></I>&gt;<I> 
_______________________________________________<BR></I>&gt;<I> gmx-users mailing 
list<BR></I>&gt;<I> <A 
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users at 
gromacs.org</A><BR></I>&gt;<I> <A 
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR></I>&gt;<I> 
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR></I>&gt;<I> 
www interface or send it to <A 
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users-request at 
gromacs.org.</A><BR></I>-- <BR>David.<BR></P></BODY></HTML>